ישנן שתי ערכאות בבית הדין לעבודה, בית דין אזורי ובית דין ארצי. קיימים
חמישה בתי דין אזוריים לעבודה בבאר שבע, ירושלים, חיפה, תל אביב, נצרת. בית הדין
הארצי נמצא בירושלים.
במשפט בענייני עבודה בבית הדין האזורי ישבו שלושה, שופט ושני נציגי
ציבור, אחד נציג העובדים ואחד נציג המעבידים. את נציגי הציבור ימנו שר המשפטים ושר
העבודה והרווחה לאחר התייעצות בארגון העובדים המייצג את המספר הגדול ביותר של
עובדים במדינה ובארגונים הארציים של מעבידים שלדעת השרים הם יציגים ונוגעים בדבר.
על נציגי הציבור להיות או בעלי ניסיון בתפקיד או בפעילות הקשורה ביחסי עבודה, או
בעלי ניסיון בהוראה, מחקר, משפט או כלכלה ביחסי עבודה או במנהל ציבורי, או שהם
חברים או זכאים להיות חברים בלשכת עורכי הדין בישראל ועסקו ברציפות או לסירוגין
חמש שנים לפחות בתפקיד משפטי בשירות המדינה. נציג ציבור יכול לשרת במשך שלוש שנים.
בית הדין האזורי רשאי לדון בתובענות בין עובד למעביד, בהן חוזים,
נזיקין, סכסוך עבודה, הפרה של הסכם קיבוצי, עניינים הקשורים לקופות גמל, קופות
פנסיה, תובענות שבין עובד לארגון עובדים הקשורות בחברות או בתחום פעילותו של
הארגון בענייני עבודה, ובכל עניין שמוענקת לבית הדין האזורי סמכות לפי החוק לביטוח
הלאומי, התשכ"ח 1968 וחוקים אחרים כמפורט בתוספת הראשונה. על פסק דין של בית
דין אזורי ניתן לערער בפני בית הדין הארצי.
בדיון בבית הדין הארצי, בעניינים של הסכמים קיבוציים, או הסדרים
קיבוציים על כל גווניהם ישבו שבעה, שלושה שופטים, שני נציגי עובדים ושני נציגי
מעבידים. בערעור ישבו שלושה, שופט ושני נציגי ציבור. בעניינים אחרים ישבו חמישה,
שלושה שופטים, נציג העובדים ונציג המעבידים.
היועץ המשפטי לממשלה, במידה וראה כי בהליך שלפני בית הדין כרוכים
נפגעים או עלולים להיות כרוכים נפגעים של זכות המדינה, או זכות ציבורית או עניין
ציבורי רשאי לפי ראות עיניו להתייצב באותו הליך ולהשמיע דבריו. ארגון עובדים או
ארגון מעבידים שהוא צד להסכם קיבוצי רשאי להתייצב בכל הליך שלפני בית המשפט שבו
נתון אותו הסכם קיבוצי לפירוש.
בנוסף לחוק זה, ועל מנת להגדיר טוב יותר את
סמכויות בית הדין קיימות תקנות
בית הדין לעבודה (סדרי דין), תשנ"ב-1991, אשר מגדירות, בין השאר, את מקום
השיפוט, מועדי הגשת מסמכים, שמירת זכויות, ייצוג של תאגיד, צורה ותוכן של כתבי
הגנה וכתבי תביעה, טוענים בהליך ייצוג, תביעות תאגיד, סדרי הטיעון והסיכום, הקראת
פסק דין, מועד הגשת פסק דין וכיוצא באלה.