עבור רבים מהווים ששת העקרונות הבאים את הבסיס השיטתי לתרגול טכניקת פילאטיס. יישום עקרונות אלו הוא שמייחד את פילאטיס ומעניק לה יתרונות רבים על פני שיטות תרגול אחרות. חשוב לציין שממציא השיטה, ג'וזף פילאטיס, לא ציין או לימד את העקרונות כפי שהם מוכרים לנו היום אלא הם מהווים פיתוח מאוחר יותר של תלמידיו וממשיכי דרכו. מסיבה זו לא תמיד קיימת הסכמה בתוך קהילת מתרגלי הפילאטיס בעניין סדר העקרונות, מספרם והאופן שבו הם מתארים רעיונות או מושגים מסויימים. עם זאת, על פי רוב תוכלו למצוא גרסאות דומות למה שמובא כאן בכל קורס פילאטיס שתתנסו בו.
במקור פילאטיס נתן לשיטה שפיתח את השם קונטרולוג'י (Contrology). הוא פיתח טכניקה בעלת גישה מיוחדת לגוף-נפש: שיטה המבוססת על תנועות בעלות השפעה הוליסטית ושפועלת על עקרונות יחודיים כמו מרכוז, ריכוז, שליטה, דיוק, נשימה וזרימה. בין אם המתעמל מתרגל במזרן על הרצפה ובין על מיטות פילאטיס כמו הרפורמר או הקדילאק - עקרונות אלו מהווים את הבסיס לשיטה ויש להם ביטוי יחודי בכל תרגיל ותרגיל.
מרכוז: בזמן תרגול פילאטיס תשומת הלב כולה ממוקמת במרכז הגוף או לחילופין, באזור שפילאטיס כינה "בית הכוח" (Power House) שהוא האזור הכלוא בין הצלעות התחתונות, הגב והאגן. בית הכוח שממוקם בשרירי הליבה (Core muscles), מהווה גם את מקור האנרגיה שממנו מתחיל כל תרגיל- משם והלאה האנרגיה מכוונת החוצה לכיוון הגפיים והראש.
ריכוז: על המתרגל להקפיד על מודעות וריכוז לכל אורך ביצוע התרגיל, יחד עם מחויבות ואחריות להפיק את מלוא התועלת מכל תנועה.
שליטה: כל תרגיל מתבצע תוך שליטה מלאה בשרירים. אין חלק בגוף שנשאר ללא השגחה.
דיוק: בפילאטיס המודעות תומכת בכל תנועה. לכל תנועה של הגוף יש את המסלול והתנוחה המדוייקים לו, תוך שמירה על היחס הנכון לשאר חלקי הגוף.
נשימה: ג'וזף פילאטס הדגיש כי דרושה נשימה מלאה בכל תרגיל. הוא לימד שיש לשאוף ולנשוף את האויר בחוזקה. הנשימה היא חלק בלתי נפרד מכל תרגיל והיא הרמונית עם כל תנועה. פילאטיס קבע כי יש צורך "לסחוט" את הריאות מכל טיפת אויר לפני שממלאים את הריאות מחדש בשאיפות המגיעות לעומק הגב ולצידי הצלעות.
זרימה: יש לשאוף לבצע את התרגילים באופן זורם, חינני ושליו. האנרגיה של כל תרגיל אמורה לחבר בין כל חלקי הגוף ולזרום דרכו בשלמות ובהרמוניה. השימוש מכשירי פילאטיס משקפים בצורה טובה את העקרון הזה (ואת ריכוז ושליטת המתעמל), שכן יש להם נטיה להרעיש כאשר ביצוע התרגיל אינו זורם. ההמשכיות וההרמוניות שבתנועה באים לידי ביטוי גם במעבר בין התרגילים - הפילאטיס הוא כמו ריקוד אחד ארוך המורכב מתרגילים שונים.