קצין תגמולים הנו מי שאמון על הטיפול בתביעה אותה מגיש נפגע , בגין חבלה או מחלה אשר התרחשה בזמן ועקב השרות הצבאי. הטיפול של קצין התגמולים בתביעה המוגשת לאגף השיקום במשרד הביטחון מתחיל בדרך כלל בסיווג התביעה , בין חבלה לבין מחלה , בניתוב התביעה בין המסלולים , למסלול הירוק הקצר או למסלול הרגיל, בהמשך לקביעת ההרכב של הוועדה הרפואית , מקום בו התיק הופנה למסלול הירוק, או ליחידה לאיסוף חומר מקום בו התביעה היא במסלול הרגיל. בדרך כלל מהיחידה לאיסוף חומר עובר התיק ליועץ הרפואית אשר מתפקידו לקבוע בידי איזה מומחה רפואי ייבדק הנפגע לצורך קביעת הקשר הסיבתי , ולאחר שהתיק יחזור מן המומחה הרפואי יוציא קצין תגמולים מחוליית החלטות החלטה האם התביעה התקבלה ועל הנפגע לעמוד בפני וועדה רפואית או האם היא נדחתה.
התביעות הפחות מורכבות אשר מוגשות, לאגף השיקום , על ידי נפגעים לקצין התגמולים הן תביעות אשר מוגשות בגין חבלה. התביעות הן פשוטות מאחר והן ברורות לא צריכה להיות בהם שום שאלה עובדתית או משפטית , לאמור אם היה אירוע בו התובע נפגע , והוא סובל מלכות , משום כך יש להעמידו בפני וועדה רפואית. תביעות מסוג זה הן בדרך כלל תביעות אשר נשלחות לטיפול במסלול הירוק לאמור בתביעות אלו הטיפול בהן אורך לא יותר מחמישה חודשים , מרגע הגשת התביעה לקצין תגמולים ועד לרגע הוצאת החלטה סופית.
תביעות אשר מוגשות בגין מחלה הן תביעות מאוד מסובכות וזאת משום שתביעות מסוג זה מצריכות ידע משפטי ורפואי רב לפני הגשתן . הידע הרפואי צריך להיות כזה שיהיה בו כדי להסביר מדוע קיים קשר סיבתי , על בסיס רפואי בין השרות הצבאי לבין תלונותיו של הנפגע , יוער כי מקום בו קשר סיבתי מעין זה לא קיים אין מקום להגיש את התביעה זאת מאחר וסביר מאוד להניח שתביעה מעין זו תידחה . בדרך כלל התביעות אשר מוגשות בגין מחלות מטופלות בדרך הרגילה לאמור עד תשעה חודשי טיפול.
קצין התגמולים אשר יושב ביחידה לאיסוף חומר מתפקידו לאסוף את כל החומר הרפואי של הנפגע אשר קשור לתביעה אשר הוגשה בגין מחלה , או חבלה , במקרה והתביעה הוגשה זמן רב לאחר הפציעה , החומר הנאסף נאסף מקופות החולים ומכל מוסד רפואי בו טופל התובע. שלב איסוף החומר נועד אך ורק לבירור עניין הקשר הסיבתי , בשלב זה יהיה על התובע לעמוד בפני בדיקה רפואית אצל המומחה הרפואי מטעם קצין התגמולים. משמסתים שלב איסוף החומר מועבר התיק של הנפגע אל היועץ הרפואי אשר מתפקידו לקבוע לאיזה מומחה רפואי יופנה התובע על מנת שיקבע האם קיים קשר סיבתי או לא קיים קשר סיבתי.
המומחה הרפואי מטעם קצין התגמולים הנו רופא אשר מתפקידו לקובע על סמך החומר הרפואי ועל סמך הבדיקה של התובע האם קיים קשר סיבתי בין השרות לבין תלונותיו של התובע. בסיום הבדיקה אצל המומחה הרפואי , מעביר זה חוות דעת ליועץ הרפואי אשר יושב בקצין תגמולים , אשר מתפקידו לבדוק את חוות הדעת ולהחליט האם הוא מקבל או דוחה את התביעה אותה הגיש התובע.
היועץ הרפואי מעביר את כל התיק, לאחר הבדיקה , לחוליית החלטות שם יושב קצין תגמולים אשר מתפקידו להוציא אחת משתי החלטות או שעל התובע לעמוד לבדיקה בפני ועדה רפואית לצורך בירור זכויותיו וקביעת אחוזי נכות , או שהתביעה נדחתה וקיימת בידי התובע זכות ערעור על החלטת קצין התגמולים בפני בית המשפט השלום בשבתו כוועדת ערעורים לפי חוק הנכים תגמולים ושיקום .