היות וראשוני תלמידיו של ישו היו על פי המסורת יהודים לכל דבר, ממשיכים היהודים המשיחיים להגדיר את עצמם כיהודים וחלקם שומרים על טקסים ומסורות יהודיים שונים כחלק מפרקטיקות הקיום של הקהילות היהודיות-משיחיות. על פי הערכות שונות ישנם בעולם היום כרבע מליון יהודים משיחיים, שאך מקצתם חיים בישראל. הקהילות מתאפיינות במבנה חברתי מלוכד ועיסוק בפעילות הומניטארית כמו סיוע כלכלי לנזקקים, אימוץ חיילים בודדים, ניצולי שואה ומשפחות חד הוריות ועוד.
על אף שלילתם של רבים מקרב חוקרי ההיסטוריה את הסברה וההערכה כי יהודים משיחיים הם באמת ממשיכיהם הישירים של תלמידי ישו, ועל אף קביעתם כי אין המדובר ברצף של חיי למידה וקהילות משיחיות מאז ועד היום, היהדות המשיחית דבקה בעמדותיה לפיה המדובר בפלג בעל רצף אמונתי בין אלפיים שנים. אם לשיטתם של מרבית ההיסטוריונים, מקורם של היהודים המשיחיים בפילוגים שחלו בקרב קהילות נוצריות שונות במאות הראשונות לכינונה של הדת ומערכת ההפצה שלה, הרי שאותם יהודים משיחיים מצהירים כי האמונה לפיה ישו הוא המשיח רווחה בקרב יהודים רבים במהלך כל הדורות, אך אלה בחרו להסתיר את אמונותיהם מסיבות שונות.
ראיות לכך כי יהודים משיחיים אכן חיו בארץ ישראל לפני מאות ואלפי בשנים עולות ממקורות שונים ובהם, כך סבורים חלק מהחוקרים, התלמוד, בו ישנה התייחסות למונח "מינים" המשקף לכאורה את תלמידיו של ישו או אנשים שהאמינו והעבירו את מסריו. רבי עקיבא מצוין במסכת סנהדרין כמי שאסר לקרוא בספרים החיצוניים, כחלק מניסיון ברור להרחיק ולבודד את היהודים שהאמינו בישו. כיום ניתן לקבוע כי באותה תקופה נתגבשו הדפוסים המוכרים כיום של התיאולוגיה היהודית-רבנית, ומכאן שזו הייתה צומת דרכים חשובה בהבניית יהודים משיחיים כקבוצה שאינה מוכלת בתוך היהדות הממסדית הפורמאלית.