ויתור על השריון נתן דחיפה לשיטות לחימה בידיים ריקות ואפשר לפתח שיטות רבות,שלא היה אפשרות לפתחן בתקופת השימוש בשריון.בחלקה השני של מאה ה-16 ובתחילת מאה ה-17 התפתחו שיטות לחימה בידיים ריקות או בעזרת נשק זעיר רבות.אז החל ההתפתחות של סוג לחימה שהיום אנו מכנים-ג'יו ג'יטסו.פירוש המילים הוא - אומנות רכה,וישנו משמעות רב לשם זה.הרעיון של ג'יו ג'יטסו הוא לנצח יריב לא בעזרת כוח רב,אלה בעזרת רכות וויתור לכוח התוקף. אומן הג'יו ג'יטסו אינו משתמש בכוח רב, חוסך בכוחו,מדלדל כוחו של התוקף וכך מתגבר עליו.הוא גורם ליריב לעשות תנועות חדות ובמהירות מתחמק מהם,מוציא את התוקף משיווי משקל.אומן הג'יו ג'יטסו לא מתנגד לכוח,לא בולם התקפות בהגנות כוחניות,"מעביר" את כוחו של היריב דרך עצמו ויריבו,בלי שמוצא התנגדות "נופל" קדימה לידיו של המגן.
האסקולה הוותיקה ביותר של הג'יו ג'יטסו הי טאקנאוטי-ריו אשר נוסדה ב-1532, בתקופת מלחמת האזרחים ביפן.מייסדה-טאקנאוטי הסימורו היה איש נמוך ועל פי קרטריונים של הסמוראיים חלש,אבל רוחו היה חזק מאוד.על פי אגדות השיטה לאחר מדיטציה וצום בן 37 ימים בהרים,ראה טאקנאוטי נזיר נודד-ימאבוסי,שגילה לו סוד של אומנות הקרב.
בהתחלה התחלקה הטכניקה של טאקנאוטי-ריו לשני חלקים:
קוגוסוקו קוסי-נו מאווארי(נשק זעיר שעל החגורה) שבתוכו 25 טכניקות וטורי-טה(תפיסות בעזרת ידיים) המורכב מ-5 טכניקות. 30 טכניקות אלו היו לבסיס של ג'יו ג'יטסו של היום.דבר מעניין נוסף לשיטה זו היה התקפה של נקודות תורפה.
בתחילתה של טקנאוטי-ריו לא היו בה הטלות עגן או גב,ריתוקים על כף היד,חניקות רבות הידועות היום.הם היתווספו לשיטה מאוחר יותר,תודות לטאקנאוטי היסקצו וטאקנאוטי היסאיאסי - יורשם של מייסד השיטה.הם הוסיפו דברים רבים מוו-שו הסיני אשר למדו בעיר נגאסאקי.כל הדברים האלו בנו תשתית של ג'יו ג'יטסו וקיימים גם היום בשיטת טאקנאוטי-ריו תודות לבני משפחת טאקנאוטי.
הטלות עוצמתיות,ריתוקים מתוחקמים שהיום הם כרטיס ביקור של הג'יו ג'יטסו, לראשונה הופיעו כמאה שנה לאחר ייסודה של טאקנאוטי-ריו.העדות הראשונה לכך זה חוברת הדרכה של שיטת סקיגוטי-ריו משנת 1632.לראשונה מושג "יאווארה" או "ג'יו" - רכות,הופיע בשיטה זאת וזה מעיד על כך שבתקופה זאת הבינו המאסטרים את עקרון האי-התנגדות.השיטה כללה בתוכה את כל ההטלות וריתוקים שמוכרות היום.
חסרונות של סקיגוטי-ריו בחניקות והתקפות מולאו בשיטת יוסין-ריו(יושין-ריו) שדגלה בהתקפות לנקודות תורפה,ריתוקים,חניקות,טכניקות החייה וטכניקות הריגה ע"י לחיצה על נקודות מסויימות.
השיטה נוסדה על ידי איש בשם אוקיימה סירובאי שהיה רופא בעיר נאגאסקי.על פי עדויות מאותה תקופה הוא נסעה לסין כדי לרכוש ידע ברפוא והתגורר שם מספר שנים.בתקופה זו הוא נחשף לשיטות לחימה סיניות וכאשר חזר ליפן פתח בית ספר לאומנויות הקרב. לאחר ארבע שנים בית ספרו נסגר וסירובאי עזב למנזר. בהיותו במנזר בזמן טיולו ביער חורפי,הוא ראה איך נשברו הענפים הגדולים תחת שלג כבד וענפים דקים נשארו ללא פגע. כך התגלה לו הרעיון שעומד היום מאחורי השיטה - רכות ואי התנגדות מנצחים כוח.אין צורך להתנגד לכוח,צריך להתחמק ולנצל כוח היריב.
בחצי השני של מאה ה-19 ובתחילת מאה ה-20,כאש החלו ביפן רפרמות,שפתחו את המדינה יותר לכיוון המערב,ג'יו-ג'יטסו,כמו כל שיטות לחימה אחרות מצא את עצמו במצב קשה.מנהיגי יפן שקידמו מודל מערבי בארצם וקישרו את עוצמתן של מדינות אימפריאליסטיות לחיקוי חיצוני של התנהגות האירופאית הפנו את גבם למורשת שלהם.אומנויות הקרב הוכרזו כמורשת של אכזריות וברבריות.
מורים רבים הפסיקו ללמד וסירבו לקחת תלמידים. רבים מהם מתו בעוני.הביקוש ללמוד אומנויות הקרב היה נמוך מאוד ועל אלו שהתאמנו הביטו כעל משוגעים.במצב זה חלק מאומני הג'יו ג'יטסו הפנו את עצמם למודרניזציה של שיטתם. כך נוסדו ג'ודו וכחמישים שנה אחרי אייקידו. חלק אחר של מורים לא רצו לשנות כלום ושמרו על מסורת. להם היה קשה ביותר.חלקם מתו בעוני,חלקם הפסיקו לפתח את שיטתם,חלקם נסעו למערב ועבדו שם בקרקסים,בהם הציגו את אומנותם.
בתקופה זו הרבה שיטות מסורתיות ניספו ואנו יודעים עליהן רק ממקורות כתובים שנשמרו בארכיונים. שיטות הגדולות הצליחו לשמור על עצמן,לשרוד וקיימות עד היום,תודות למשפחות ששמרו עליהן.
היום נעשים מעמצים רבים ביפן על מנת לשמור ולשחזר את האסקולות "ריו" המסורתיות. הן מוגדרות היום כאוצר לאומי.לצד שיטות מסורתיות קמות שיטות מודרניות רבות אשר טובות הרבה יותר לחיים המודרנים ואינן כוללות טכניקות התנגדות כנגד חרב או בישיבה מסורתית.