משרד החקלאות ופיתוח הכפר (שמו הרשמי של מה שהיה בעבר רק משרד החקלאות, ושונה בשנת 1992) הוא הגוף האחראי על כל המרחב הכפרי בארץ ובכלל זה על המושבים הרבים הפזורים מצפון ועד דרום. מטרות המשרד הן לפתח את המרחב הכפרי בדגש על חיזוק הפריפריה, לפעול לשכלול החקלאות, לפקח על איכות התוצרת החקלאית, להבטיח שמחירה יאפשר לחקלאים להתפרנס בכבוד ולציבור ליהנות ממנה, ולהגן על עולם החי והצומח, מקורות המים, המרחבים הפתוחים, הקרקע והסביבה באופן כללי כך שגם בעתיד יוכלו ילדינו ונכדינו ליהנות מחקלאות איכותית. בחלק מהמקרים תואמות פעולות משרד החקלאות ופיתוח הכפר את תפישת עולמה של תנועת המושבים, ושני הגופים פועלים בתיאום ובהרמוניה, ואילו בתחומים מסוימים פעולות המשרד עלולות לפגוע, כך עמדת תנועת המושבים, בחקלאות ובבני המושבים ויש להילחם בהן.
המשבר בענף הבקר
אחד מתחומי החקלאות הנמצא במשבר הולך ומעמיק הוא ענף הבקר. שני הנושאים העיקריים הדורשים התייחסות מצד משרד החקלאות ופיתוח הכפר הם חוק סימון הבשר (חוק האוסר על הצגת בשר מופשר כבשר טרי) והסדרת רעיית הבקר, כשגם הפשיעה החקלאית פוגעת ברווחיות המגדלים שלא לדבר על ביטחונם.
בנוסף פועלים אנשי המקצוע של המשרד בשיתוף פעולה עם אנשי תנועת המושבים וארגוני מגדלי הבקר השונים על מנת למצוא מענה לסוגיות חשובות אחרות, ובהן היקפי היבוא (ובפרט בחינת השאלה האם הורדת המכסים והגדלת היבוא הביאה לירידה במחיר הבשר לצרכן או לא) וכן השחיטה השחורה - בתקווה כי החקיקה שייזום משרד החקלאות ופיתוח הכפר כמו גם הצעדים הנוספים שיינקטו יצילו את הענף ובפרט את המשקים המשפחתיים החשובים כל כך לחקלאות ולפריפריה.
מתווה לוקר
נושא אחר המסעיר חקלאים רבים ידוע בשם "מתווה לוקר" - רפורמה מקיפה בענף החלב הקרויה על שמו של עו"ד הראל לוקר, שמונה לתפקיד מנכ"ל משרד ראש הממשלה בשנת 2011. בנושא זה פעורה תהום בין עמדת משרד החקלאות ופיתוח הכפר לבין עמדת תנועת המושבים, הנלחמת על מנת למנוע את יישום הרפורמה, שעלולה לפגוע אנושות ברפתות הקטנות, בפריפריה ולמעשה בכל משק החלב.
חשוב להדגיש כי ישנם ארגוני חקלאים התומכים במתווה לוקר, מתוך אמונה כי הוא יוביל לייעול בענף, השבחת איכות החלב והוזלת המחיר לציבור - אולם המחיר הכבד שישלמו בעלי הרפתות הקטנות וסימני השאלה סביב היתרונות של המתווה מעוררים דאגה רבה.
סיוע שוטף
חלק מתקציבו של משרד החקלאות ופיתוח הכפר מוקדש, באופן טבעי, לתמיכה בחקלאות ובחקלאים המתמודדים עם מגוון קשיים.
כך, למשל, מסייע המשרד לחקלאים בעריכת תוכניות עסקיות שכוללות מענה לשינויים בשווקים השונים וכן במילוי בקשות לקבל הלוואות מגופים שונים דוגמת הקרן לסיוע לעסקים קטנים בערבות מדינה. בדרך זו יכולים חקלאים שנקלעו לתקופה קשה להפוך אותה למקפצה להשתכללות ולעתיד טוב יותר.
דוגמה אחרת היא הקצאת משאבים כספיים לטובת פיתוח מרכזי מבקרים התורמים הן לשיפור תדמית החקלאים והמושבים והן לאיתנותם הכלכלית.