שפכים תעשייתיים הם המים המזוהמים המוזרמים אל מערכת הביוב על ידי מפעלים ובתי מלאכה מסוגים שונים. מטבע הדברים, שפכים אלה מכילים חומרים כימיים שונים שלא מצויים בשפכים הביתיים, לעתים בריכוזים גבוהים מאוד. לכן שפכים תעשייתיים עשויים להוות מפגע סביבתי חמור וגם לגרום לסתימות בצנרת הביוב.
מבחינה חוקית, קיימות שתי דרכים לבדיקה של שפכים תעשייתיים ורמת הזיהום שלהם. הדרך האחת היא חוקי עזר עירוניים, הקובעים ערכי סף לתכולת מזהמים בשפכים המוזרמים למערכת הביוב העירונית. הדרך השנייה נקראית היתרי הזרמה לים או לנחלים. היתרים אלה מיועדים למצבים בהם לא קיים פתרון יבשתי ראוי, ריאלי או סביר לטיפול בשפכים. היתר הזרמה כזה ניתן על ידי שתי ועדות, והבקשה צריכה לכלול תוכנית לניטור ובקרה.
נוכחות של תמלוחות היא אחד ההבדלים שבין שפכים ממקור תעשייתי לבין השפכים הביתיים. שפכים תעשייתיים מאופיינים בריכוז גבוה של מלחים – תוצאה של תהליכים תעשייתיים מקובלים. כך, למשל, בתעשיית המזון ריכוז גבוה של מלחים בשפכים נובע מתהליכי הכשרת בשר וייצור שימורים וגבינות, וכמו כן מתהליכי עיבוד דגים. בתעשיית הטקסטיל המלחים בשפכים הם תוצאה של צביעת בדים. בנוסף לכך, הריכוז הגבוה של מלחים בשפכים תעשייתיים נובע מהשיטות המקובלות לניקוי המכונות בכל התחומים.
לאחר שהשפכים התעשייתיים עוברים עיבוד במכוני הטיהור, מתקבלים מי קולחים בעלי מליחות גבוהה. נכון להיום הטכנולוגיות הקיימות להורדת רמת המליחות במי קולחין יקרות מאוד ולכן אינן בשימוש. יחד עם זאת, ניתן להוריד את ריכוז התמלוחות על ידי שינוי בטכנולוגיות בהן נעשה שימוש בתעשייה. כך, למשל, ריכוך מים יכול להיות מושג על ידי אוסמוזה הפוכה במקום החלפת יונים. דרך אחרת להורדת ריכוז המלח במים היא הפרדת זרם התמלוחות משאר הזרמים במפעל ואיגונו.
לסיכום, שפכים תעשייתיים שונים מהשפכים הביתיים. באופן כללי, ניתן לומר ששפכים ממקור תעשייתי מכילים מזהמים קשים יותר לטיהור, וחלקם הגדול הם מזהמים שאינם אורגניים (לעומת השפכים הביתיים המכילים לרוב שפכים אורגניים). לכן שפכים שמקורם בתעשייה קשים יותר לטיפול וחלקם מוזרם אל הים או אל הנחלים. רצוי לפתח שיטות טיהור חדשות ויעילות שיאפשרו למנוע את המשך זיהום הסביבה ולעבד את כל השפכים המיוצרים.