תושב חוץ העובד בישראל כפוף בעיקרון למיסוי ישראלי בהתאם לכללי המקור בדיני המס, וזאת מאחר והעבודה מבוצעת בישראל. השאלה היא האם חבות במס ישראלי קיימת גם כאשר העובד מועסק על ידי מעביד שהוא תושב חוץ והשכר המשולם לעובד מחוץ לישראל? שאלה נוספת היא מה הדין ביחס לתושב חוץ העובד בישראל שהוא תושב מדינה אשר ישראל חתומה עימה על אמנה למניעת כפל מס?
במקרה של אמנת מס, יש לבחון מהם התנאים לפטור ממס בהתאם להוראות האמנה הרלוונטית. ברוב אמנות המס של ישראל, צריכים שיתקיימו שלושה תנאים מצטברים: (1) העובד שהה בישראל פחות מ- 183 ימים בשנת המס (ובאמנות מסוימות- בכל תקופה של 12 חודשים שמתחילה או מסתיימת בשנת המס); (2) השכר משולם ע"י המעביד הזר; (3) השכר אינו מוטל על מוסד קבע בישראל שיש למעביד הזר. אם אחד מהתנאים לעיל לא מתקיים, התושב הזר יהא חייב במס בישראל.
יכולים להיות שינויים שונים בהתאם לאמנת המס הרלוונטית. כך לדוגמא, בהתאם לסעיף 17(2)(ד) לאמנה עם ארה"ב, קיים תנאי לפיו יתקיים פטור רק אם העובד מתחייב במס על עבודתו במדינות מושבו. בהתאם לסעיף 15(2)(א) לאמנה עם קנדה, יש תנאי לפיו סך השתכרותו של העובד לשנת המס כולה אינו עולה על 2,500 דולר קנדי. תנאי זה למעשה שולל מראש את האפשרות לפטור ממס.
אם קיים למעביד הזר "מוסד קבע" בישראל, יש להתחשב בהוראות אחרות בפקודה ובאמנת המס הרלוונטית. במקרה כזה, למוסד הקבע קיימת חובת ניכוי מס במקור לתושב חוץ בשיעור של 25% בעת תשלום לעובד תושב החוץ בהתאם להוראות סע' 170 לפקודה. כמו כן, יש לבחון תחולת הוראות סעיף 164 לפקודה והתקנות אשר הותקנו מכוחו.
עובד ישראלי המועסק על ידי חברה זרה בישראל עשוי ליצור לחברה הזרה מוסד קבע בישראל. לכך יש השלכות מיסוי משמעותיות. להרחבה, ראו מוסד קבע לחברה זרה המעסיקה ישראלי.