אנשים רבים שאין להם רקע או ידע מקצועי בתחום, מתבלבלים לעתים קרובות בין בניית אתרים לבין עיצוב אתרים. ניתן לומר כי בניית אתרים היא תהליך מורכב, אשר בתחילתו אין כלום ובסופו קיים אתר מתפקד ברשת. עיצוב אתרים הוא שלב אחד בתהליך זה. בשלב הזה מקבל האתר את המראה הרצוי: נבחרים פונטים וצבעים, מוגדר גודל האייקונים והתפריטים, נבחר הרקע, ממוקם הלוגו, וכדומה.
כאמור, בניית אתרים היא שם כולל לתהליך שמכיל בין היתר גם את חלק העיצוב. ניתן לגשת לעיצוב האתר לאחר שמסתיים שלב האיפיון ומיפוי האתר ושלב התכנות. למעשה בשלב זה האתר כבר קיים, אך המראה שלו דל וחיוור. ניתן לדמות את המצב לספר בו הטקסט כבר קיים, אך עדיין לא ניתן להדפיס: יש למקם את הטקסט בצורה הרצויה על הדפים, להבליט את הכותרות, להוסיף איורים ומספור עמודים, לעצב את הכריכה וכדומה. חשוב לציין שחברות רבות שעוסקות בבניית אתרים יכולות לספק גם את שירות עיצוב האתר: לעתים כחלק מהחבילה הכוללת, ולעתים כחלק נפרד, כאשר האתר קיים ונדרש לשנות את העיצוב שלו.
החלק העיצובי נתון לשיקול דעת יותר מאשר לכללים נוקשים. מה שחשוב לזכור הוא שהצגת המידע צריכה להיות בהירה וברורה, לכן יש להקפיד על גודל סביר של אותיות, על בחירה נבונה של גוון הטקסט וגוון הרקע וקביעת קונטרסט נעים לעין, על מרווח נוח בין השורות. כמו כן, יש לפזר את המידע על פני המסך בצורה מאוזנת, להימנע מהצורך בדפדוף. יש לחשוב על נוחות המשתמש, שצריך להתמצא באתר בקלות, לקבל את המידע שהוא זקוק לו ללא הפרעות, ולא להתעייף מהעיון. היתר הוא שיקול אישי, לכן כאשר אתם פונים לחברת בניית אתרים ומבקשים לעצב את האתר שלכם, רצוי להביא כמה דוגמאות של אתרים שעיצובם מוצא חן בעיניכם.
הטרנד האחרון בעיצוב אתרים הוא אתרי פלאש. אתרים אלה יוצרים אפקטים ויזואליים מרשימים תוך כדי גלישה, כגון תנועה ואנימציה, מה שהופך את האתר לאטרקטיבי מאוד. יחד עם זאת, חשוב לדעת שמנועי החיפוש מתיחסים אל אתר כזה כתמונה ולא מתחשבים במלל שבו, מה שמקשה על קידום האתר. לכן מומלץ לשקול שימוש בפלאש בחלק מהדפים, אך לא לבסס על הטכנולוגיה הזאת את כל האתר.
לסיכום, העיצוב הוא חלק חשוב בתהליך בניית אתרים. בשלב הזה נקבעת מידת האטרקטיביות הויזואלית של האתר, וכמו כן איכות הממשק שלו. עיצוב בהיר וברור, המקל על ההתמצאות באתר והמציג את המידע בצורה ברורה ואסתטית יתרום לפופולריות האתר.