כיום קיים שירות חדשני של תוכנה להנהלת חשבונות המאפשרת להפיק חשבוניות און-ליין ולשלוח אותן ללקוחות כמקור באמצעות הדואר האלקטרוני כחוק. יש גישה ומעקב מכל מחשב מחובר לאינטרנט, אין צורך בהעתק נייר, והעיקר חסכון ויעילות.
אולם עבור עסקים שעדיין לא עשו את המעבר לשימוש בתוכנה להנהלת חשבונות חשוב לציין כי בחוק ובפסיקה, אין למעשה מענה ברור לשאלה, אם בכל מקרה ובכל נסיבות שהיעדרה של חשבונית המקור, בין אם אין היא קיימת עוד ובין אם יצאה מרשותו של העוסק, שוללת את הזכאות לניכוי מס תשומות, וזאת גם אם ברור מעל לכל ספק ,שאכן הוצאה חשבונית-מס כדין.
פרשנויות מתייחסים לנושא זה מהבחינה של הוכחת קיומה של חשבונית שאבדה ונטל ההוכחה כי תביעת המע"מ אכן נעשתה לפי חשבונית מס כדין בעזרת העתק חשבונית המאושר על ידי מוציא החשבונית כ"נאמן למקור". דעה זו שהובאה בשנת 2004 אמנם מציינת כי ניתן להשתמש בהעתק חשבונית אבל הצורך באישור "נאמן למקור" - על פי פרשנות - לדעתי מיותר.
חוות דעת שניתנה לאחרונה על ידי משרדי עורכי הדין דנו בשאלה - האם ניתן לקזז מס תשומות על פי העתק חשבונית שהתקבלה בפקס או בכל דרך אחרת.
סעיף 38 (א) לחוק מע"מ מחייב את הוצאתה כדין של החשבונית ולא את הימצאותו של המסמך המקורי בידי העוסק כלהלן: "עוסק זכאי לנכות מהמס שהוא חייב בו את מס התשומות הכלול בחשבונית מס שהוצאה לו כדין או ברשימון יבוא או במסמך אחר". השאלה היא האם ניתן יהיה לנכות מס ששולם על תשומות בגין חשבונית אשר נשלחה באמצעות פקס או שמא הגישה היא כי העוסק יכול להסתייע אך ורק בחשבונית המקורית לשם הניכוי?
חוות דעת מגיעות למסקנה שלהלן משני היבטים:
אחד - ניתן לקזז תשומות על פי חשבונית שהוצאה - כלומר החשבונית אינה חייבת להיות ברשות המנכה, וברור שההוצאה צריכה להיות "כדין" כלומר מאחורי החשבונית עומדת עסקה אמיתית.
השני - שבידי העוסק "מסמך אחר"- על פיו ניתן להתחקות אחר העסקה שבוצעה בפועל- כדוגמת העתק צילומי של החשבונית המקורית או עותק של אותה חשבונית שנשלח אל העוסק בפקס (שאין חולק על כך כי יצאה מאת חזקתו של העוסק המחויב בהוצאתה) על מנת שיותרו לו קיזוז תשומותיו על פי אותה החשבונית.
המסקנה העולה מתוך כל האמור לעיל הנה שניתן להשתמש לצורך מע"מ בהעתק חשבונית גם אם לא צוין עליו "נאמן למקור".
ישנם חידושים טכנולוגים אשר מאפשרים שימוש של תוכנה להנהלת חשבונות אשר מרכזת את כל פעולות הנהלת חשבונות במקור אחד, כתוצאה מכך ישנן המון יתרונות כגון: חשבונית מקור והעתק נאמן שמורים במערכת, הפקת חשבונית מתבצעת מתוך מערכת הנהלת חשבונות, פרוט מספר מוצרים בגוף החשבונית, העברת ריכוזים למערכת הנהלת החשבונות של הארגון, שילוב עם כל מערכת סליקה באינטרנט, משלוח אוטומטי של החשבוניות במייל. כל זאת מוביל לייעול העסק וחסכון רב בזמן ובכוח אדם עוסק בהנהלת חשבונות.