ארון קודש מחזיק בתוכו ספרי תורה, לרוב יותר מספר אחד. ארון קודש, מעצם מהותו, הוא חפץ שמחזיק בתוכו מספר זהויות בו זמנית. ארון קודש הוא גם חומר וגם רוח, גם פרקטי וגם סימבולי, גם מקום וגם סמל למקום אחר. התפקידים השונים והמשמעויות השונות שמחזיק בתוכו ארון קודש דומים לספרי התורה שבו: יש בו מקום לכמה וכמה זהויות, יש בו מקום לכולם. ארון קודש הוא מעט המחזיק את המרובה ולמרות הקושי הברור הוא מצליח להכיל ולהחזיק את המטען הגדול שמוטל על כתפיו – זוהי מהותו של ארון קודש.
הניגוד הראשון שמובנה בעצם מהותו של ארון קודש הוא הניגוד בין קודש וחומר. ארון קודש אמור לאחד בתוכו את הניגודים הללו שהרי הוא בנוי מחומרים ארציים שמשמשים אותנו בחיי היום יום, ולא תמיד למטרות קדושות במיוחד, ובו זמנית הוא קדוש, חלק מהעולם הרוחני. הניגוד המתקיים בעצם מהותו של ארון קודש הוא זה שמהווה בסיס לאופי שיש לו בחשיבה היהודית. העובדה שמעצם מהותו הוא מאחד את הניגוד בין חומר ורוח העניקה לחפץ הקדוש את האפשרות לשאת עליו משמעויות שונות בו זמנית. ארון קודש הוא דבר מה שונה עבור אנשים שונים ואין לו משמעות אחת ויחידה. אפילו בבית הכנסת עצמו ארון קודש ממלא מספר תפקידים מבלי להעדיף אחד מהם על פני חברו.
ארון קודש הוא קודם כל ארון שבו מונחים לשמירה ספרי התורה. לפני שחושבים על הקדושה שלו, יש לחשוב על הקדושה של החפצים שעליהם מגן ארון קודש. ניתן לראות כך שמדובר בראש ובראשונה בחפץ פרקטי שיש לו תפקיד פשוט וברור: ארון קודש נועד לשמור על ספרי תורה – זו הסיבה ללידתו של ארון קודש, זו הסיבה לקיומו. ארון קודש שאיננו ממלא את התפקיד הזה אין לו מקום בבית הכנסת. יהיה מי שיטען שהארון הוא חסר קדושה מצד עצמו וכול הקדושה שלו נובעת רק ממה שנמצא בתוכו. גם אם יש אמת בדבר הרי שכך ניתן לומר על כל אדם קדוש: אין בו קדושה כשלעצמו אלא רק מצד מה שיש בתוכו. כשם שיש אנשים קדושים כך יש ארון קודש שקדושתו היא עצמית גם אם היא שואבת מתוך מה שהוא מחזיק בתוכו.
מטען הקדושה של ארון קודש הביא אותו לתפוס מקום חשוב יותר ויותר בבית הכנסת ובתפילה. גם אם לא היה כך בימים עברו, מזה דורות על גבי דורות ארון קודש הוא המרכז של בית הכנסת, החלק הקדוש ביותר שבו. הקדושה של ארון קודש שואבת ממקומות שונים מעבר לספרי התורה שעליהם דיברנו. ארון קודש מסמל גם את ההיכל – החלק היותר קדוש של בית המקדש. ארון קודש מבטא את הרעיון שישנם מקומות קדושים יותר ופחות. כשם שבבית המקדש, המקום הקדוש ביותר לעם היהודי, היה מקומות קדושים יותר מאחרים – ההיכל, קודש הקודשים – הרי שגם בבית הכנסת יש מקומות קדושים יותר – ארון הקודש.
קדושתו של ארון קודש מביאה לעיתים עימה יחס אליו כמין שער לשמיים שדרכו עוברות התפילות ועולות מעלה. הרי לכם עוד משמעות כפולה: ארון קודש כחיבור בין הארץ שמתחת לשמיים שממעל.