הניגוד בין חומר לקדושה הוא ניגוד מוכר וידוע; מעצם מהותו, ארון קודש הוא ביטוי לאפשרות של חיבור בין החומר והקודש. תהליך בנייתו, או יצירתו, של ארון קודש הוא תהליך שבמהלכו החומר עולה ומתקדש עד שהוא הופך להיות החלק הקדוש ביותר בבית הכנסת. ארון קודש הוא סמל רב עוצמה לרעיון היהודי – ויש לומר שהוא מופיע גם בדתות אחרות – שניתן להפוך את החומר עצמו, את הקיום הפיזי, את הגשמי, לרוחני, לקדוש, למציאות שונה לחלוטין מנקודת המוצא שלה.
הזוג חומר ורוח הוא זוג מוכר ברוב אם לא בכול התרבויות שבעולם. דתות רבות מתמודדות עם הניגוד שבין האדם, יצור בשר ודם, חומרי וגשמי, ובין הרוחני, האלוהי, הקדוש. היהדות דוגלת ברעיון שניתן לקדש את החומרי – ניתן, על-ידי תורה, מצוות ומידות, לחיות חיים רוחניים גם בגוף הגשמי. ביהדות ישנם סמלים רבים שמבטאים את הרעיון הזה והרעיון של ארון קודש הוא אחד מהם. ארון קודש מבטא את התהליך שבאמצעותו הגשמי הופך לרוחני. ארון קודש מבטא את הרעיון שהגשמי יכול להיות גם הוא רוחני. החומרים שמהם נבנה ארון קודש אינם שונים מחומרים שמהם נבנה ארון בגדים או ארון ספרים. עם זאת, בתהליך הבניה של ארון קודש חומרים אלה עוברים טרנספורמציה מעצם העובדה שהם משמשים לבניית ארון קודש.
כשהמתפללים מפנים את מבטם, ויש אומרים גם את ליבם, אל עבר ארון קודש שעומד בכותל המזרח, הם אינם רואים את החומרים הגשמיים שמהם עשוי ארון קודש אלא הם רואים מהות קדושה. למעשה, ברוב הזמן המתפלל איננו חושב על תהליך בנייתו של ארון קודש או מאיפה בכלל הוא מגיע. העיוורון לכאורה הזה הוא חלק ממעשה האמונה. האמונה הופכת מציאות אחת למציאות אחרת. כשם שהאמונה מכניסה את הבורא לעולם, כך האמונה – ומן הסתם ביתר קלות – איננה רואה חפץ שנבנה מעץ ובד, מזכוכית ומאבן, אלא ארון קודש – חפץ קדוש שנדמה שהוא איננו יציר העולם הזה.
אך דווקא העובדה שלידתו של כל ארון קודש היא בעולם הזה, היא שהופכת אותו לחפץ כה חשוב בליטורגיה היהודית הדתית. ארון קודש נוצר בעולם החומר, זוהי מהותו, אך בו בזמן הוא שואף אל עולם הרוח ובעצם מהותו הוא כבר חלק מעולם הרוח. נדמה שניתן לחשוב על ארון קודש כעל מטאפורה רבת עוצמה לאדם בשר ודם. כמו ארון קודש, האדם נולד בעולם החומר והוא משתייך אליו; כמו ארון קודש האדם שואף אל הרוח; כמו ארון קודש האדם הינו מעצם מהותו חלק מעולם הרוח – יש בו קדושה ועליו רק להוציא לאותה לפועל, להביא אותה לידי גמר. כך ניצבים ארון קודש ואדם זה מול זה בבית הכנסת, כך יכול האדם להביט בארון הקודש ולזכור את מהותו שלו.
אכן, התהליך שבו נוצר ארון קודש מחומרים שונים הוא תהליך מדהים ואפילו עוצר נשימה. הרעיון הנועז הזה של הפיכת חומר לקדוש הוא רעיון שדורש מחשבה עמוקה ומביא לתחושת אחריות. אם החומר יכול להפוך לקדוש הרי שגם ההיפך הוא הנכון. כך או כך, זהו תפקידו של האדם להחליט על העיצוב הסופי של החומר שממנו הוא עשוי: ארון קודש או ארון בגדים.