בימינו, בכול בית כנסת נמצא ארון קודש והוא זה שמהווה את המרכז הסימבולי של המקום. ארון קודש הוא הרבה יותר ממקום אחסון לספרי התורה וחפצים בעלי קדושה אחרים. כמו שבמקדש היו חלקים קדושים יותר – האולם, ההיכל, קודש הקודשים – כך גם בבית הכנסת ארון קודש הוא שיא הקדושה של המקום. כשבוחנים את ההיסטוריה של חפץ קדוש זה מגלים שהוא עבר שינויים לאורך ההיסטוריה. השינויים היו מכמה סוגים. ישנם שינויים בתפקידו ובמקומו של ארון קודש בתוך בית כנסת; ישנם שינויים בעיצוב שלו וניתן גם לזהות שינויים בתפקיד שממלא ארון קודש במערכת הליטורגית של בתי הכנסת.
העדויות הראשונות על קיומו של ארון קודש בבתי כנסת הוא מימי המשנה. בימים ההם לא היה זה ארון קודש כפי שאנו מכירים כיום – ארון קבוע בכותל המזרח – אלא מעין תיבה ניידת שנחה בחדר צדדי עד לשעת קריאת התורה או לזמן התפילה כולה; לאחר התפילה הוחזרה התיבה לחדר הצדדי. כותל המזרח, או הכותל הפונה לירושלים בהתאם למיקומו של בית הכנסת, היה פתוח והאנשים יכלו להביט דרכו אל הכיוון של ירושלים, כיוון התפילה. רק במאה השלישית או הרביעית לספירה מתחילים להופיע קירות סגורים גם בכיוון התפילה. ייתכן והדבר קשור להתפתחות של ההאדרה של ירושלים של מעלה על פני ירושלים של מטה ותפיסת הבית כנסת כמקום בעל קדושה משלו ולא רק כזו ששואבת את כוחה מהעיר הקדושה. עם זאת, ארון קודש עדיין איננו חפץ קבוע בכותל המזרח למרות שהוא מתחיל להתפתח בבתי כנסת ברחבי העולם היהודי.
ארון קודש מופיע מתקופה זו בשתי צורות: גומחה בכותל שבה מאוכסנים הספרים הקדושים או ארון עץ שניצב ליד הכותל אך אינו מהווה חלק ממנו. ניתן למצוא מיני הסברים להבדל בין סוגים שונים של ארון קודש אך היריעה קצרה מכדי לפרט אותם. כך או כך קהילות שונות העדיפו סוגים שונים של ארון קודש והסוגים השונים הובילו גם לעיצובים מגוונים של ארון קודש ברחבי קהילות ישראל.
התפתחות נוספת, ואולי חשובה הרבה יותר, נוגעת למקום שתופס ארון קודש בבית הכנסת. ניתן לומר שעם הזמן היה שינוי ביחס לארון. אם תחילה ארון קודש הוא רק מקום אחסון לספרי התורה הרי שעם הזמן ארון קודש הופך להיות מרכז הקדושה של בית הכנסת. ניתן לראות כיצד ארון קודש מפסיק להיות רק חפץ משני בליטורגיה ותופס מקום חשוב יותר ויותר במהלך התפילה. הארון מתחיל להוות מעין סמל לשער בדרך אל השמיים ואפילו שער השמיים – המקום שאליו הולכות התפילות בדרכן מעלה. כך החל המנהג לפתוח את הארון בזמן תפילות חשובות. לפי המנהג, לדוגמה, בתפילת נעילה ביום הכיפורים, מותירם את הארון פתוח לכול אורך התפילה כדי לבטא את האמונה ששערי השמיים פתוחים בשעה זו לתפילות של עם ישראל.
השינויים החברתיים מובילים גם לשינויים משמעותיים בעיצובו של ארון קודש לפי הקהילה שבה הוא נבנה. כמו בתחומים רבים, כיום ניתן לגלות מגוון גדול של עיצובים שונים ומיוחדים, הרבה יותר מהמקובל בעבר. ארון קודש הוא חלק מהתרבות של ימינו ולכן אין זה מפתיע שגם הוא עובר שינויים יחד עם החברה שבה הוא נערץ.