אחד המצבים השכיחים ביותר בהם פונים מנהלים לקבלת ייעוץ ארגוני הוא מצב של שינויי ארגוני צפוי או נדרש. אפשר להביא מספר דוגמאות לשינוי ארגוני צפוי שניתן לתכנן אותו: התרחבות העסק, מיזוג עם עסק אחר, רכישת העסק על ידי תאגיד גדול, רה ארגון ייזום, שינוי או הוספה של תחומי פעילות, וכדומה. שינויים אלה, בהיותם צפויים, מאפשרים הערכות מסודרת. יחד עם זאת, ישנם גם מצבים בהם שינוי ארגוני נדרש כתוצאה מכשלים בתפקוד הארגון, רמת יעילות נמוכה או משבר, ואז יידרש ייעוץ ארגוני בדחיפות.
מבנה ארגוני יהיה אחד מהנושאים הראשונים שייבחנו בייעוץ ארגוני. מבנה ארגוני הוא מערכת הקשרים בין החיחידות הבונות את הארגון מבחינת היררכיה, תחומי אחריות וחלוקת תפקידים. המבנה הארגוני המסורתי הוא המבנה הפונקציונלי. מבנה ארגוני כזה מאופיין בחלוקת תפקידים ברורה במישור האופקי (כלומר בין בעלי דרגים זהים) והיררכיה נוקשה ומוגדרת היטב גם במישור האנכי (כל אחד יודע היטב מיהו מפקדו ומיהם פקודיו). מבנה כזה מאפיין ארגונים מסורתיים כגון צבא, מוסד רפואי או ארגונים עסקיים בתרבויות מסוימות (למשל, ביפן).
מבנה ארגוני פונקציונלי יכול להיות יעיל במגוון מצבים. מצב אחד הוא פעילות רוטינית בלבד, כגון קו ייצור לפריטים סטנדרטיים בלבד. במקרה כזה מספר האירועים החריגים הוא מינימלי וניתן לחלק את התפקידים בצורה קבועה ללא הפתעות רבות. דוגמא אחרת למצב בו המבנה הפונקציונלי עשוי להיות יעיל הוא העדר התמקצעות. כך, למשל, בצבא ניתן להטיל כל תפקיד על קצין או חייל, גם אם אין לו הכשרה רשמית לכך. בעולם האזרחי, בו תחום האחריות של עובד שכיר משתרע על שטח מצומצם ומוגדר, לא ניתן לעשות זאת, ומשימות רבות נופלות בין הכסאות.
ייעוץ ארגוני מלא כולל בחינת המבנה הארגוני הנוכחי ומידת התאמתו למטרותיו וצרכיו של הארגון. בעולם הדינאמי של היום המבנה הארגוני המיטבי למשימות רבות הוא מבנה מטריציוני, או פרויקטלי. לעתים יש לבחון גם את מתכונת העסקת העובדים: ארגונים רבים מגיעים למסקנה שעבודה מול נותני שירות עדיפה על השענות על עובדים שכירים.
אין ספק ששינוי במבנה ארגוני עשוי להכאיב – לעובדים שמאבדים את משרתם או שצריכים להסתגל לשינויים, להנהלה שצריכה להתמודד עם טענות מצד העובדים ולהכשיר עובדים חדשים, ולכלל הצוות שצריך לאמץ שיטות עבודה חדשות. לכן ייעוץ ארגוני לשינוי מבני חייב לכלול גם ליווי התהליך, לתמיכה בהנהלה ולפתרון בעיות מקומיות.