עוסק זכאי לנכות מהמס שהוא חייב בו את מס התשומות, הכלול בחשבונית מס שהוצאה לו כדין או ברשומון יבוא או מסמך אחר שאישר לעניין זה מנהל מס ערך מוסף , הנושא את שמו ששימשו בעסקה חייבת במס, מהמס לתשלום. עודף מס התשומות על המס לתשלום יוחזר לעוסק מורשה בלבד בתוך 30 יום מיום קבלת הדוח התקופתי, או במועד מאוחר שקבע שר האוצר. בחוק נקבעו חריגים למועד ההחזר במקרים מסויימים (הוראה לבדיקת פנקסים, החלה בחקירה וכו'). המנהל הוסמך שלא להחזיר עודף לעוסק שאינו מנהל ספרים, או מנהלם בסטייה מהותית. העוסק רשאי לערער על קביעה כאמור בפני הוועדה לקבילות פנקסים. חשבונית מס המתקבלת מעוסק תושב האזור או תושב שטחי עזה ויריחו צריכה להיות חשבונית מס מיוחדת, ותנאי לניכוי מס תשומות ממנה הוא רק אם הוגש ביחד עם הדוח התקופתי הנדרש דוח נוסף (טופס 878) ובצירוף העתקי החשבוניות המיוחדות. לא ניתן לנכות מס תשומות אם לא תתקבל חשבונית מס מיוחדת והניכוי ייעשה בתוך שישה חודשים מיום הוצאת החשבונית.
החל מיום 1.10.1986 מוגבלת הזכות לקיזוז מס תשומות. הקיזוז צריך להיעשות בתוך שישה חודשים מיום הוצאת החשבונית, רשימון היבוא או מסמך אחר שאישר המנהל. אם לא יקזז העוסק את מס התשומות בתוך תקופה זו - יאבד את זכות הקיזוז, לגבי אותה חשבונית, רשימון היבוא או המסמך האחר.
בפרקטיקה, במקרה כזה אני מצרף לדוח התקופתי מכתב לסגן מנהל תחנת מס ערך מוסף האזורית, המוסמך לאשר ניכוי מס תשומות גם אם חלפו יותר משישה חודשים מיום הוצאת החשבונית.