הוויכוח על מעמדה המוסרי של טכנולוגיה ביו רפואית, כרוך במוסר הטבעי משום ששימוש בהם פעמים רבות נחשב בגדר מעשה הנוגד את סדר הדברים בטבע. למשל ניתן לטעון כי ניקוי זרע כטכניקה לסייע לאנשים שהוגדרו כנשאי איידס לאחר שעברו ( בדיקת איידס ) להביא ילדים לעולם, היא טכנולוגיה הפוגעת בסדר הטבעי של הההולדה, ומטבע זה היא עלולה לפגוע במבנה גופו ונפשו הטבעיים של האדם ובמבנה הטבעי של המשפחה.
באופן סמוי ייתכן כי טענה זו נובעת מתוך החשש מפני אקט של ענישה מצד הטבע, אך באופן מדעי יותר ניתן לומר כי יש החוששים מתופעות ביולוגיות ונפשיות מעוותות העלולות להתפתח כתוצאה מן המעשה הלא טבעי. ככל שגובר חוסר טבעיותה של הטכנולוגיה הביו רפואית כך גובר הספק המוסרי בנוגע אליה.
לטענת חוקרים כמו אבינועם בן זאב לטבע כשלעצמו אין אופי מוסרי, משום שהרצון החופשי של האדם אינו מגולם בו. לדידו, אין לטבע אופי מוסרי משום שאין הוא שפיט מבחינה מוסרית, לעומת כך לטכנולוגיה אופי מוסרי משום שהיא שפיטה מבחינה מוסרית. באופן זה, מתגלעת התנגשות בין הטבע ההרמוני לבין התפיסה המוסרית. לא זו בלבד שהטבע כשלעצמו אינו מושא מוסרי , אלא קיימת אפשרות של סתירה מהותית בין ההרמוניה הטבעית לבין התפיסה המוסרית.
האם הניסיון לסייע לאדם שלקה ב מחלת מין שלא מאפשרת לו להיות הורה באמצעים טכנולוגיים איננה מוסרית? בן זקן מגיע למסרנה כי לפי הגישה המוסרית הטבע כושל לפעמים, ולכן אין להסתגל אליו ולקבל את מרותו. ייתכן אף שאין זה מוסרי לא לסייע לאנשים כשקיימת הטכנולוגיה לעשות זאת