קשה לדמיין אירגון מודרני שאין בו תוכנה להנהלת חשבונות כמו גם מערכת לניהול נוכחות עובדים וחישוב משכורותיהם.
עם זאת עד היום לא הוצעה ולו גם חבילת תוכנה אחת המשלבת בין תוכנת הנהלת החשבונות לבין תוכנת ניהול הנוכחות ותוכנת חישוב השכר.
רבים יטענו שיש טעם רב בהפרדה זו כדי להבטיח שנתוני השכר ונתונים אישיים של עובדי האירגון לא ייחשפו לעובדים אחרים באירגון שיש להם גישה לתוכנת הנהלת החשבונות. לטענה זו אין הצדקה ממשית, למעט רצונם של יצרני התוכנה, שלא יכלו לתת את הפתרון הכולל, להצדיק את מגבלתם הטכנולוגית.
בפועל, במרבית האירגונים הבינוניים והקטנים, מנהלי החשבונות הם גם אלה המתחזקים את מערכת השכר. יתרה מכך, ניתן ליצור הפרדה בין המערכות של הנה"ח והשכר ועדיין לשמר את סינכרון הנתונים כאילו היו בעצם מערכת אחת, למרות שמבחינת ההרשאות של גישה לנתונים מדובר בשתי מערכות נפרדות.
נשאלת השאלה, אם יש הפרדה אז מה היתרון של מערכת אחת?
היתרון קשור בראש וראשונה בפשטות ואחידות של תחזוקת הנתונים. כל נתון כמו פרטי עובד, כרטיסי הנה"ח שקשורים בשכר, נתוני מיסוי, נתוני תקנות וחקיקה של תנאי העסקה, הרשאות גישה לנתונים, נוכחות ועוד מתוחזק (מוזן למערכת) פעם אחת.
לאחר הפקת תלושי השכר של העובדים, מפיקה המערכת פקודת שכר שמוזנת ישירות לכרטיסים המתאימים בהנה"ח.
בסיכומו של דבר, מערכת אינטגרטיבית מציעה לאירגונים חלופה שמפשטת את עבודת הנה"ח ומבטיחה רמה אחרת של שלמות נתונים ומניעת חוסרים או שיבושים שיכולים להווצר כתוצאה מתחזוקה כפולה של נתונים כפי שנדרש היום על ידי רוב המערכות.
הבשורה הטובה היא שהיה מי שזיהה את הצורך של ארגונים קטנים ובינוניים באינטגרציה של תוכנות הנה"ח, מערכות נוכחות ותוכנות שכר. וכתוצאה מכך, מוצעת בשוק תוכנה לניהול עסק, המספקת פתרון כולל לניהול הארגון, כולל דיווחי הנוכחות וחישובי השכר שלו.