בעל עסק העומד בפני השאלה "האם לבחור תוכנת הנהלת חשבונות בענן?" עומד למעשה בפני החלטה רחבה הרבה יותר.
אחד החששות הנפוצים ביותר הוא – האם לא תהיה פגיעה ביעילות העבודה של אנשי הנהלת החשבונות של העסק כאשר השירות של תוכנת הנהלת החשבונות ינתן "בענן".
החשש אכן מוצדק. לכן, יש חשיבות ראשונה במעלה לבחור שירותי הנהלת חשבונות בענן שממשק המשתמש שלהם דומה לממשק המקובל בתוכנות המותקנות באתר הלקוח.
היום קיים הצע של תוכנות להנהלת חשבונות בענן שיכולות לתפקד בצורה דומה לתוכנת הנהלת חשבונות המותקנת במשרדי העסק.
ספקי התוכנות להנהלת חשבונות עמדו על חשיבות נקודה זו והיום יש רבים המציעים את שירותי התוכנה בענן תוך הסתמכות על יכולת של השרתים (בענן) לספק שירותי כניסה "מרחוק" לתוכנה שבעצם נבנתה לעבודה בשרת מקומי (המותקן אצל הלקוח), או בשפת אנשי המיקצוע שירותי "טרמינל סרבר".
לשיטה זו יש מגבלת אבטחה שאין להתעלם ממנה. כאשר מאפשרים למשתמשים להכנס לשרת בדרך זו, בעצם חושפים את השרת כולו לעולם החיצוני. כלומר, ברגע שמישהו בעולם החיצוני מצליח "לפצח" את הסיסמא של אחד המשתמשים, בעצם הוא מקבל גישה לשרת כאשר מכאן הדרך קצרה (עבורו) לבצע שימוש לרעה ביכולות השרת, שלא לדבר על האפשרות של השחתת הנתונים המוחזקים בו.
כדי לפתור בעיה זו פנו מספר ספקים של תוכנה להנהלת חשבונות לפתרון המבוסס על ממשק משתמש שהותאם מראש לעבודה "בענן" המבוסס על "עמודי" HTML. הבעיה העיקרית של ממשק זה הינה האיטיות וסירבול העבודה לעומת הממשק לו הורגלו המשתמשים בעבודה מול תוכנה המותקנת על שרת במשרדי העסק.
מספר מצומצם של ספקי תוכנה להנהלת חשבונות מספק ממשק משתמש המבוסס על פלטפורמות חדשניות המעניקות חווית משתמש בעבודה על התוכנה "בענן" שהיא דומה לזו לה הורגלו המשתמשים בעבודה על התוכנה "המקומית".