ההבדל בין אתר רגיל לאתר מסחרי הוא אך העובדה שניתן לבצע את אחת מן הפעולות הללו, בין אם הפעולה דורשת אישור סופי של אנוש או בין אם זו פעולה המתבצעת באופן אוטומטי.
המאפיין העיקרי של אתר מסחרי הוא העובדה שאנו זקוקים לרמת אבטחה הרבה יותר רחבה מאשר אתר רגיל, לכן באתרי מסחר מקובל לרכוש לדומיין רשיון SSL.
SECURED SOCKET LAYER שזהו פרוטוקול המגן על נתונים הנשלחים בין הדפדפן של הלקוח ולשרת האינטרנט עליו מאוחסנת המערכת. שיטת אבטחה זו היא הנפוצה בכל האתרים המובילים בעולם, ומתבצעות בה מיליוני קניות מאובטחות באינטרנט מדי חודש.
טכנולוגית SSL פועלת בצורה של הצפנת הקשר בין השרת לבין הדפדפן של הלקוח. ברגע שנוצר הקשר, כל המידע המועבר בין השרת לבין הדפדפן מוצפן ומוגן. אבטחת SSL היא הסטנדרט במסחר אלקטרוני ומקובלת על 99.3% משתמשי האינטרנט.
העברת המידע, לרבות העברת פרטי כרטיס האשראי של הגולשים, מוצפן באמצעות פרוטוקול SSL המהווה סטנדרט עולמי של אבטחה באתרי מסחר אלקטרוני. ניתן לוודא כי התקשורת אכן מאובטחת בפרוטוקול SSL, באמצעות מעקב אחר סמל המנעול המופיע בתחתית הדפדפן בעת מילוי הפרטים האישיים ושליחתם. סמל המנעול הינו סימן בינלאומי המאשר כי המידע הוצפן, הועבר והינו מוגן.
בבניית אתרי אינטרנט מסחריים יש לתת דגש על המוצרים כמוצרים אטרקטיביים ומנגנון רכישה ידידותי למשתמש.
כיום אתרי מסחר יכולים להשתמש ברשיונות SSL משותפים, דבר הנותן להם אפשרות לעלות הרבה יותר נמוכה , ההבדל היחידי הוא שהדף SSL משותף הוא דף על דומיין נפרד ושונה מאשר של האתר