פרחים הנם צמחים חיים, דורשים טיפול מקצועי החל מרגע קטיפתם ועד להגעתם לבית הלקוח. ככלל ישנם שלושה מרכיבים חשובים בשינוע משלוחי פרחים: שמירת שרשרת הקירור - מרגע קטיפתם ועד הבאתם ללקוח רצוי שהפרחים ישהו בטמפרטורה קבועה של 2-6 מעלות צלזיוס. הזנה נכונה במהלך אחסון הפרחים - פרחים זקוקים לסוכרים וחומצות מסוימות שנספגים דרך הגבעולים, ולאוויר נטול גז אתילן שהורג אותם. מניעת בועות אוויר בגבעולים -כאשר חותכים את הגבעול ומשאירים אותו באוויר, הנימים שבגבעול מתמלאים בבועות אויר שמונעות יניקה של המים. מסיבה זו חשוב שהובלת משלוחי פרחים עד לבית הלקוח תתבצע כשהפרחים נמצאים בתוך דליים עם מים.
מאידך, לפעמים מתקיימים תנאי מזג אויר קשים כגון חום גבוה או הצפות גשם וחסימת נתיבי תעבורה שמפריעים לתהליך משלוח הפרחים במיוחד אם חנות הפרחים התחייבה לספק את זרי הפרחים תוך פרק זמן קצוב.
בעיות בשינוע משלוחי פרחים בימים הקיץ הלוהטים - רוב הפרחים, למעט מספר זנים טרופיים כגון ציפור גן עדן, לא שורדים בתנאי חום קיצוניים. ישנם מספר פרחים כגון ורדים שממש רגישים לחום וכל מכת חום הורגת אותם. מאידך, חנויות פרחים נדרשות לספק משלוחי פרחים בעלויות נמוכות ובמהירות גבוהה ולכן בעלי חנויות פרחים "מעגלים את הפינות" ושולחים את זרי הפרחים באמצעות קטנועים. שיטה זו אינה מקצועית במיוחד עם זרי הפרחים לא מובלים בדליים עם מים ואם הם חשופים לשמש ולרוח. לכן בימי הקיץ החמים יש לדרוש שהובלת משלוחי פרחים תעשה ברכבים ממוזגים אפילו אם עלויות המשלוח גבוהות יותר.
בעיות בשינוע משלוחי פרחים בימי גשם, הצפות וחסימת דרכים - לקוחות דורשים משלוחי פרחים תוך מספר שעות וזו בעיה כאשר הכבישים חסומים עקב הצפות ושיטפונות. גם במקרה זה, בעלי חנויות פרחים מנסים לספק את השירות באמצעות קטנועים שמביאים זרי פרחים רטובים ובלויים. גם במקרה זה הפתרון העדיף הוא לבצע משלוחי פרחים ברכבים תוך הסבר ללקוחות שלא ניתן להתחייב על זמני המסירה.