הכניסה לכלא צבאי עשויה להיות חוויה מפחידה ומבלבלת בעבור רבים מן החיילים המוצאים את עצמם בין כתליו. בעוד שמחוץ לצבא מאכלסים בתי הכלא עבריינים מורשעים, בתוך בסיסי הכליאה בצה"ל יכולים למצוא עצמם חיילים המואשמים בסירוב פקודה, בהיעדרות משירות וגם במגוון של עבירות קטנות על אחד מחוקי הצבא הרבים.
בצה"ל קיימים שני בסיסי כליאה - כלא 6 הממוקם בסמוך ליישוב עתלית וכלא 4 הממוקם בצריפין. עוד קיימים בבסיסים שונים בצה"ל חדרי משמר אליהם מופנים חבושים שביצעו עבירות קלות יחסית, וזאת במטרה להקל על העומס הרב בשני בסיסי הכליאה. את הסוהרים שבבתי הכלא הרגילים מחליפים בבסיסי הכליאה מדריכי כליאה (מד"כים), קצינים וחיילים המשתייכים לחיל המשטרה הצבאית. חשוב לזכור כי זהו אינו כלא רגיל וכי ההתנהלות בו היא כביחידה צבאית לכל דבר. הכלואים זוכים לשש שעות שינה ולכלל הזכויות המגיעות לחיילים בצה"ל כחלק מפקודות המטה הכללי.
לחבושים בבסיסי הכליאה קיימת האפשרות להביא עימם ציוד אישי הכולל תחתונים, גופיות וגרביים להחלפה, מכנסיים קצרים וחולצות קצרות, קבקבים, מצעים, ספרים מכל סוג, כלי כתיבה ונייר לכתיבה. עוד רשאים הכלואים להחזיק במסמכים לרבות מכתבים וגלויות, תעודות ואישורים רפואיים ואישורים להקלות בתנאי השירות. כמו כן באפשרות החיילים לשאת מוצרי היגיינה הכוללים: כלי רחצה במארז שקוף (סבון, שמפו ודאורדורנט Stick), מברשת שיניים ומברשת שיער. עם הכניסה לכלא צבאי, כל חפץ אחר יופקד בטרם הכניסה ויוחזר לחייל עם יציאתו.
יומם של החבושים בבסיסי הכליאה מתחיל בהשכמה בשעה 5:30 בבוקר. לאחר ההשכמה מתייצבים הכלואים לספירה וממשיכים להכנה לקראת מסדר הבוקר, הכוללת גילוח, צחצוח נעליים, ניקוי התא וסידור המיטות. לאחר המסדר שנערך בשעה 7:30 ממשיכים החיילים לארוחת הבוקר ולעבודות השונות שהוקצו להם. ספירה נוספת מתקיימת בצהריים, בשעה 11:30 שלאחריה מוגשת ארוחת צהריים ומוקצה זמן הפסקה בן חצי שעה. לאחר הפסקת הצהריים ממשיכים החיילים בתורנויות עד לארוחת הערב בשעה 16:30. לאחר ארוחת הערב מתקיימים לעיתים מסדרים נוספים של מדריכי הכליאה וכן מתאפשר לחיילים לדבר בטלפון, לצפות בטלוויזיה ולהתכונן למסדר הערב שבסופו נסגרים התאים וכבים האורות.
עבודות הכלואים כוללות גם משימות מחוץ לבסיסי הכליאה, הכוללות סיוע לרופאים צבאיים, ארגון מחסני אספקה וחירום ופעילויות אחזקה בבסיסים. העבודות בתוך הכלא כוללות תורנויות אבטחה, מטבח, שיפוץ של ציוד צבאי בבתי המלאכה שבבסיסי הכליאה, עבודות באפסנאות ובמפקדת המחנה. העבודות ניתנות לחבושים שהתנהגותם טובה ושמצייתים להוראות המד"כים.
ביקורים מתאפשרים לחיילם לאחר שבעה ימים בבסיס הכליאה, כלומר, ביום השמיני למאסר. חיילי מילואים זכאים לביקורים לאחר 48 שעות וחיילים נשואים לאחר שלושה ימים. את הביקורים ניתן לתאם במשרדי קציני הערים ברחבי הארץ והם מוגבלים לחצי שעה ולארבעה מבקרים בו זמנית. משפחת החייל יכולה להביא לביקור מזון משקאות באריזות סגורות (חטיפים וכו').
החבושים בבסיס הכליאה זכאים לחופשה בת 48 שעות מדי ארבעה שבועות וזאת באישור מפקד הכלא בלבד ובתנאי שריצו למעלה משליש מהעונש, ורק אם התנהגותם חיוביות ואין בעברם רישום על בריחה ממשמורת.
עוד זכאים החבושים במהלך ריצוי העונש לפעילויות חינוך, הכוללות צפייה בסרטים אחת לשבוע, אימון גופני, צפייה בטלוויזיה ומשחקי חצר. לחיילים מתאפשר זמן תפילה בבית הכנסת, במועדים שנקבעים על-ידי רב הכלא, וכן אפשרות לרכוש סיגריות, חטיפים ודברי מתיקה בקנטינה.