השפעות של תרגול שיטת פאולה על התפקוד הגופני נוגעות הן למצב של שיבוש כלשהוא בהתכווצותם והרפייתם של השרירים הטבעתיים: חולשת רצפת אגן, תפקוד חלקי של מערכת העיכול, שיבושים במערכת הנשימה, והן בתפקוד גופני תקין. השפעות אלו מתבטאות דרך כמה תופעות: הקשרים בין השרירים הטבעתיים לבין עצמם ודרכי ההופעה שלהם בגוף הבריא. דרכי השימוש בקשרים אלו כאמצעי שמזמן את יכולת הריפוי העצמית של הגוף. הפעלת השרירים הטבעתיים באופן שמחזק את תפקודי הגוף לגבי מערכות פנימיות כמו מערכת הנשימה, צינור העיכול ותפקוד המערכת הגיניקולוגית. הפעלה ישירה של השרירים הטבעתיים באזור שנחלש ולבסוף ארגון הגוף לצורות החזקה ותנועה כנקודת מוצא לשינוי.
נטייתם של כל השרירים הטבעתיים לפעול יחד ולהפעיל זה את זה הם הבסיס לתפקודו הבריא של כל גוף באשר הוא. פעמים רבות החלשות של שרירים טבעתיים מתרחשת כמו במערכת של צנרת ניקוז כך שחולשה במקום אחד גוררת חולשה במקום אחר. הטיפול בשיטת פאולה משתמש בקשרים אלו, כאשר חל שיבוש כלשהוא בשרירים הטבעתיים או בתפקוד המערכות הפנימיות, עדיף להתחיל בתרגול "מרחוק" כדי לעורר בגוף את תנועת הכיווץ והשחרור הקיימת ביסוד התנועה החיצונית והפנימית של הגוף. לפעמים לא מתעוררת אותה יכולת להפעלה "מרחוק" ויש צורך בהפעלה ישירה של השרירים באזור שנחלש. שיבוש יכול להתבטא בקושי לחוש את מקום מסוים או להפעילו. לכן כיווצים של סוגר מסוים יילמדו לעתים דרך יכולת כיווץ של הסוגר האחר או שריר טבעתי אחר. לצורך טיפול בקושי להפעיל אזור מסוים בגוף ניתן להיעזר במניפולציות גופניות המארגנות צורות החזקה מגוונות של הגוף בזמן התרגול.
הפעלת השרירים הטבעתיים באופן שמחזק את תפקודי הגוף במערכות הפנימיות הבלתי רצוניות כמו הריאות ומערכת הנשימה, צינור העיכול ותפקוד המערכת הנשית היא תופעה שנצפתה על ידי רופאים ומורים אך אינה ניתנת להסבר. לדוגמה: במעקב גניקולוגי לגבי מיקומו של רחם שאובחן כנמוך מן הרצוי ניתן לראות עלייה במיקומו לאחר טיפול בשיטה. איכות ההתכווצות של מערכת העיכול יכולה להשתנות אצל אנשים עם בעיות עיכול שונות. גם שינויים לטובה בבעיות נשימה או שיפור ביכולת ההתרוקנות של שלפוחית השתן הם חלק מקבוצת השינויים החלים במערכות פנימיות, בלתי רצוניות בעקבות תרגול השיטה בלי שיהיה ניתן להסביר זאת באופן מדעי. ארגון הגוף לצורות החזקה ותנועה כנקודת מוצא לשינוי משמשת להפגת כאב כרוני ולבעיות גב ושלד. אז עולה הצורך בשילוב בין תנועות השרירים הטבעתיים לבין צורת ההנחה, המתיחה או ההרפיה של הגוף.
הנעה מודעת וייחודית של שרירים שאנו מפעילים בדרך כלל רק לצרכים תפקודיים כמו אכילה, דיבור וצפייה ובאופנים שונים מהרגיל יוצרת קשר תודעתי חדש בגוף. לפי שיטת פאולה הפעלת אותם השרירים: שפתיים, לשון, עיניים, עפעפיים, סוגרים ועוד אינה לצרכים תפקודיים אלא לצרכי איזון הגוף. דוגמה לארגון של איזון הגוף הוא צורך ב"פתיחות"-מצבים שבהם חזרות מתמשכות על תרגילי פתיחה וסגירה של העיניים, הפה, הנחיריים והסוגרים משנה את ההרגשה הכללית של הגוף. משפיעה על הנשימה או על אופן ההנחה של הגב בזמן תרגול. ההפעלה המודעת של הפתחים ע"י כיווצים והרפיות משפיעים על צורת היציבה, מפתחים יכולת להרפיה, פותרים בעיות גב ומביאים לשיפור ושכלול התפקוד הגופני.
הקשר בין גוף ונפש נוצר במהלך תרגול שיטת פאולה באמצעות התרגילים והריכוז גופני שמאפשר רגיעה וריכוז מחשבתי. דרך אחת להבין עניין זה היא ההיצמדות לתנועה חוזרת כאמצעי שמשחרר את המוח מפעילות מחשבתית אחרת. בנוסף מניעה היצמדות זו את הגוף באופן משתנה ונטול תכנון. התנועה הבלתי מתוכננת פועלת לרוב במקום שבו היא דרושה במיוחד, גם אם לא כוונה אליו מראש. המונוטוניות והריכוז הדרושים בתרגול, המגע וההפעלה של שרירים שאינם מוכרים כמיועדים להפעלה, מעוררים בגוף הרגשות ותגובות חדשות וככל שנכנס האדם המתרגל להתנסויות נוספות ומכיר את צורות הפעולה של גופו כך עולות יכולות קשב לגוף ולנפש.
מקצת מהתהליכים האלו מתחילים בגילוי היכולת להפעיל שרירים שאינם מוכרים לרוב האנשים. כיווץ העפעפיים התחתונים של העיניים ללא כוונה לעצור או למנוע את כיווצי העפעפיים העליונים הנלווים לכך, תרגילי לשון שמשפיעים על תנועה במקומות אחרים בגופנו או הפרדות בין הסוגרים, בניגוד לטבעם של אלו להתכווץ יחד מתפתחת במהלך תרגול שיטת פאולה היכולת להפריד בין הסוגרים הקרויים ספינקטר קדמי ואחורי. סוג אחר של הפרדה בין צד ימין של עמוד השדרה לבין צד שמאל מפעיל תנועות רוטציה בין שני צדי הגוף. לדוגמה כיווץ לסירוגין של העיניים כך שבעוד עין אחת מתכווצת נעשית גם פתיחת העין האחרת, התרגיל מעורר באופן אוטומטי הצטרפויות במקומות שונים בגוף כמו תנועות של הראש, של שני צדי הגב או האגן. כך מקבלות העיניים תפקיד חדש ביחס האדם לגופו וביכולתו לעזור לעצמו ואף מתפקדות אחרת במצבי עייפות או כאשר יש צורך בריכוז מיוחד.
תרגילים מהסוג שתואר קודם לכן מדגימים את אחד העקרונות הפעילים בשיטה, שימוש בשרירים אחרים בגוף מובילים את התנועה ונותנים לה קצב ואופי אחר מהרגלי הגוף. רוב התנועות מתרחשות ללא הפעלת כוח, התנגדות או מאמץ. דבר זה יוצר גם שינוי בהרגלי התנועה וגם שינוי בהרגלי החשיבה על הגוף. השינוי החשיבתי יכול לקדם גם איזון גופני וגם קשב חדש לגוף. לדוגמה: ההיכרות עם הפעלת הגוף כשני צדדים משני צדי עמוד השדרה מארגן דרך חשיבה חדשה על הגוף. יצירת קשר בין הסוגרים הקדמיים ושרירי הפנים כקו אחד דמוי עמוד שדרה המתקיים בחלק הקדמי של הגוף מסייע להפעלת צד חלש או פגוע או מקדם הרגשה המסייעת למרכז את תנועת הגוף. כל אלו מלמדים את מי שמתנסה בשיטה כישורים חדשים הדרושים לתפקוד תקין של הגוף. דבר זה נעשה הן דרך תרגול פשוט והן באמצעות ריכוז מחשבתי המעורר ריכוז גופני.