מטופלים רבים פונים לטיפול אצל רופאי שיניים פרטיים במקום אצל רופאי שיניים העובדים עם קופות החולים. הסיבה לכך ודאי לא קשורה במחיר. לטיפול אצל רופא שלא נימצא ברשימת רופאי השיניים שבהסדר עם קופח החולים יש יתרונות אבל גם חסרונות.
רופאי שיניים שנמצאים בהסדר עם קופת החולים מקבלים את אישור הקופה רק לאחר שאמינותם והמקצועיות שלהם נבדקו והוכחו. יתרון נוסף בטיפול אצל רופאי שיניים הנמצאים בהסדר הוא כלכלי. המטופל משלם סכום סימלי (יחסית) לביקור ולטיפול וקופת החולים משלמת לו על פי התעריף שנקבע קודם לכן התשלום לביקור יהיה בהתאם לחבילה הביטוחית של המטופל.
גם לביקור אצל רופאי שיניים המקבלים באופן פרטי יש יתרונות. ראשית, להבדיל מבמרפאות של קופות החולים, אצל רופאי שיניים פרטיים המטופל מקבל את הטיפול באופן קבוע מאותו רופא. הוא מוזמן לשעות הקבלה של הרופא הספציפי שלו ורק באופן חריג יטופל על ידי רופא שיניים אחר מתוך רשימת הרופאים המקבלים במרפאת שיניים. יתרון נוסף הוא היסטוריית טיפולים. מאחר ומדובר ברופא קבוע, מעבר להיסטוריה הרפואית המתועדת של המטופל, הרופא לעיתים קרובות זוכר את כל הפרטים בעל פה.
קיימים מקרים בהם רופאי שיניים המקבלים במרפאת שיניים פרטית עובדים עם קופת חולים אחת ולכן יש מטופלים שישלמו מחיר מסובסד עבור הטיפול על פי המחירון של קופת החולים, ויש כאלה שיאלצו לשלם מחיר מלא. בשני המקרים הלקוחות אמורים לקבל את אותו הטיפול מהצוות הרפואי. לעיתים הרופא יציע למטופל "המסובסד" אפשרויות להרחבת הטיפול מעבר למה שמוצע ומאושר על ידי קופת החולים. הרחבה זו תעשה בתשלום נוסף, כמובן.
רבים טוענים שקבלת טיפול של רופאי שיניים היא דבר מאוד יקר ולכן מעדיפים ללכת לרופא דרך קופת החולים. רופאי שיניים מצידם מצדיקים את המחירים היקרים בעלות גבוהה של החומרים והציוד. יש המון טיפולי שיניים שרופא השיניים מעניק : טיפולי שורש, השתלות שיניים, יישור שיניים, שיקום הפה וטיפולים רבים נוספים.