באחת מהחברות הגדולות התגלה, במהלך בדיקה, כי בסניפה המרכזי קיימים חוסרים מתמשכים בקופה הרושמת. בחקירה שבוצעה ע"י משרד חקירות בין עובדי הסניף צומצם החשד לארבעה עובדים, כל אחד מהעובדים הכחיש כל קשר לגניבה, בדיקות פוליגרף שבוצעו לכל הארבעה, הצביעו על האשם, לאחר חקירה קצרה שלוותה בתוצאות בדיקת הפוליגרף, הודה העובד בגניבה והשיב את הכסף.
זהו רק אחד מהמקרים בהם בעלי ומנכ"לי חברות משתמשים בבדיקות פוליגרף. בדיקת פוליגרף היא בדיקה במכונת אמת אשר הינה קבילה בבימ"ש רק אם הוסכם על כך בכתב בין שני הצדדים המתדיינים. במידה ואין הסכמה כזו, תוצאותיה משמשות רק לתמיכה באימות או הפרכת גרסת הנבדק. לא ניתן לכפות בדיקת פוליגרף על הנבדק והיא תתבצע אך ורק בהסכמתו.
בדיקת פוליגרף מתבצעת ע"י בודק פוליגרף מוסמך במכון עצמו ומידה הצורך מבוצעת הבדיקה במקום בו יבחר הלקוח ע"י מכשיר פוליגרף נייד. חשוב לבדוק היטב כי לבודק הפוליגרף ולמכון המעסיק אותו ישנה תעודת הסמכה מוכרת וניסיון מוכח, זאת כדי להימנע ממכון או בודק שרלטן לא אמין
בדיקת פוליגרף מתבצעת במגזר העסקי מכמה סיבות:
בדיקת עובד המיועד לעסוק בתפקידים רגישים וחסויים המעגנים בתוכם סודות מסחריים ונגיעה בכספים. מעובד כזה יידרש לעבור בדיקת פוליגרף על מנת לבדוק את עברו האישי והמקצועי , כאשר ממצאי הבדיקה יסייעו למנהלים להחליט לגבי התאמתו לתפקיד.
בעת אירועים חריגים הקורים בחברה כמו: הדלפות לתקשורת, חשד למסירת סודות מסחריים וריגול תעשייתי, גניבת ציוד, וכד', מומלץ למקבלי ההחלטות בחברה לפנות לבדיקת פוליגרף ממוקדת לגילוי מקור הבעיה.
לעיתים קורה כי חברת ביטוח חושדת שהוגשה תביעת כזב או תביעה מנופחת מדי בנוגע לנזק המוצהר, היקף הנזק והתרחשותו. במקרה כזה יוצע לתובע לעבור בדיקת פוליגרף אשר ממצאיה יוכלו להשפיע על התביעה שהוגשה.
חברות רבות נוהגות לבצע בדיקות פוליגרף תקופתיות לעובדיהן, כנוהג בחברה וללא קשר לחשד מסוים או אירוע ספציפי. מטרת בדיקות הפוליגרף נועדה למעשה להציב את העובדים בשגרה של בדיקת אמינות ולאווירה של הקפדה והגנה על הציוד ונכסי צאן הברזל של החברה.
כיום, יותר ויותר חברות פונות לכיוון של ביצוע בדיקת פוליגרף לעובדיהן או לאנשים העובדים דרכן, זאת בכדי להגן על נכסי החברה על ערכיה והסודות החיוניים שלה. במקרה של גניבה, הדלפות, ריגול, וגם בכדי לשמור על מסגרת קבועה של הגנה, פונים מנהלי ובעלי החברות לביצוע בדיקות פוליגרף. בדיקת פוליגרף, הנעשית בצורה טובה ונכונה ובמכון מוכר ואמין, היא הטובה ביותר לחקר האמת ועשויה להביא לפתרון בעיות, טיפול בהן ונקיטת אמצעים בחברה על מנת למגר את התופעות הלא רצויות ולמגר אותן.