שורשיה של הגיאומטריה של הקדושה ננטעו עמוק במדעי הטבע ומקושרים לחלוטין לחוקי המתמטיקה של היקום. מאז בריאת האדם, הוא היה סקרן להבין את היווצרותם של כדור הארץ, הטבע והמינים השונים, אך גילה כי ידע זה נשגב מבינתו. עם השנים, הפכה הגיאומטריה לאחת מהדרכים להבין את הסודות הללו. עקרונות הגיאומטריה של הקדושה מתבטאים ברחבי העולם במונומנטים וסמלים לאומים, כמו מקדשים ומבני דת. ניתן לשים לב לדימיון להתפתחותן של יצירות האמנות מהעולם העתיק, דרך העולם הקלאסי ועד לתקופת הרנסאנס. בגיאומטריה של הקדושה יש משמעות רבה למספרים ויחסים מיוחדים, בהם יחס הזהב. צורות גיאומטריות שונות (משולש, מרובע, מחומש, משושה) מייחסות למספרים שונים ולעיתים לאותיות. למספרים האלו מתהווה עומק ומשמעויות סמליות ורגשיות. הסיבה לכך טמונה ביכולת האנושית להפוך כל מספר לצורה חזותית הנראית לעין: שלוש - משולש, שש - משושה, וכן הלאה.
אדריכלות הקדושה מבוססת בגיאומטריה של הקדושה. תחילת האדריכלות הזו נמצאת עוד בתהליך ההתגלות האלוהית, כבר במסופוטמיה, מצרים, הודו, ישראל, דרך הנצרות והאסלאם. מהותה של האדריכלות של הקדושה היא ניסיון לשמר את כל הידע האנושי שנצבר בחקירת מבנה היקום, מיקום בני האדם במרחב וחוקי הטבע. באמצעות מבני קדושה שהכילו ידע אסטרונומי, מתמטי, גיאומטרי והנדסי, בני האדם הנציחו את המידע הרב, במידות, בזוויות וביחסים של אותם מבנים. בטבע קיימות שלל דוגמאות - תבניות, עיצובים, דפוסים ושבלונות של מבנים ומרקמים, מהחלקיק הקטן ביותר. במבנים ובמרקמים האלו ניתן לשים לב במבט מעמיק לצורות גיאומטריות אב-טיפוסיות שחושפות את הטבע והתהודה התנודתית של הצורה. הצורות הגיאומטריות האלו מסמלות את העקרונות המטאפיזיים שמצביעים על היחסים הבלתי נפרדים בין החלק לכלל. עיקרון זה, עיקרון האחדות, מתבטא בתשתית הגיאומטריה של הקדושה. באמצעותו ניתן לראות את הקשר הפנימי בין היחיד לכולם, וכך להבין את יחס בני האדם ליקום וליסודות שבבסיס הבריאה כולה. אפשר גם להבחין בתבניות גיאומטריות מיוחדות שהנחו את בריאת היקום. כל תבנית היא מערכת של סמלים וקודים, שמתקשרת ישירות לעברית - לשפת הבריאה. אותן צורות קיימות כבר דורות רבים ביהדות, ונצפות בבתי כנסת וסידורי תפילה עתיקים. חשוב להדגיש כי הגיאומטריה של הקדושה היא מעבר לכל דת, אמונה או לאום, אלא מטרתה לאחד את כל בני האדם להבנה של רעיון אחד משותף.