מיכאל האפרתי נולד בשנת 1964 בירושלים. בנו של פרופ' יוסף האפרתי , מי שהיה ראש החוג לספרות עברית באוניברסיטת תל אביב, ונהרג במלחמת יום כיפור בשנת 1974, ורות ריבה האפרתי, פסיכולוגית קלינית במקצועה. נכדו של ממציא הסטריאו, פרופ' ליאו שאודיניסקי. יזם וממציא, ומוסיקאי (קלידן ומלחין).
מיכאל היה ילד מחונן, למד לקרוא ולכתוב עברית ואנגלית כבר בגיל בגיל 5. כילד, זכה בתחרות ציור במקום ה-3 במדינה, פיסל, ניגן בפסנתר, למד תופים, ואהב להוציא עיתונים כיתתיים שהודפסו במכונת שכפול. היה חבר בלהקת רקדני הסטפס של מאיר אלוני, ולפני הצבא סיים בהצטיינות קורס מורי יוגה בקיבוץ ברור חיל. בצבא שירת ביחידה מובחרת מסווגת אשר נטלה חלק מכמה מהמבצעים הנועזים והבלתי נתפסים (חורף 1984 ... ) אשר עד היום לא פורסמו, ובהמשך עבר ליחידת החילוץ של חיל האוויר 669 שם שירת גם במילואים. במסגרת השירות הצבאי זכה לשתי תעודות הצטיינות.
ביום השחרור מצה"ל הספיק להגיע לאולפן הקלטות ולהקליט מוסיקה שהלחין ביחד עם תומר קרמן להצגת ילדים חדשה. במקביל ללימודיו, עבד כפסנתרן במרכז ביכורי העיתים, וכמורה בבית ספר לאומנויות בתל אביב. בנוסף, לימד פסנתר, והקים להקה שהופיעה במועדוני ג'אז. שם הלהקה: Happy Family.
בתום שנת הלימודים הראשונה, יצא בשליחות ההסתדרות הציונית להדריך ילדים בארה"ב. הוא שילב לימודי מוסיקה ועיסוק במחשבים ופיתוח תוכנה. הוא עבד עם האמן יעקב אגם, בפיתוח תוכנות המשלבות מוסיקה, אמנות ומחשבים. בין השאר השתתף בפיתוח Video Wall לחברת אלביט, תכנות מזרקה בפריס, פיתוח תוכנה המשמיעה מוסיקה מקורית שנוצרת על ידי ניתוח ציור שהאמן מצייר. מיכאל היה משתמש פעיל בקרב מחשבי האמיגה שהיו מחשבי המולטימדיה והצבע הראשונים בעולם. הוא עבד בתדיראן מחשבים ביחד עם אורן פלי, שיצר את סרט האימה המצליח ביותר שנוצר בתקציב ביתי. באותה תקופה אורן עבד על תוכנת ציור בשם Photon Paint ומיכאל הקים חברה בשם HarmonySoft ופיתח מעבד תמלילים בשם "רשומון" שזכה לפרסום רב ועד היום ניתן להוריד אותו באתר:http://aminet.net/search?query=rashumon (וגם http://harmonysoft.wordpress.com).
הוא המציא פלאג הגנה למחשבי אמיגה, בשםAmiga HASP שנמכר לחברת אלאדין. הוא כתב באופן קבוע טור חודשי במגאזין "אנשים ומחשבים" ופרסם כ-35 כתבות. הוא ערך את פינת המחשב בתוכנית "זהו זה", ואף כתב מוסיקה פינת המחשב בהגשת סמס הררי, אשר נוגנה בשידור חי על ידי מחשב... בין השאר ביצע את אחת ההקלטות הדיגיטליות הראשונות עבור להקת משינה. בהמשך, עבד בחברת Amdocs, שם ניהל פרוייקטים עבור משרד התיירות בניו זילנד.
הוא עבד בארה"ב בחברת Apple, לאחר החזרה לארץ, עבד בחברת TIS כמנהל פרוייקטים. הוא ניהל את פרוייקט מחשוב מערכת סליקת כרטיסי האשראי בקפריסין (מול חברת JCC), וכן עסק בפיתוח מערכות מחשב לניתוח מספרי כלי רכב מתצלומים, עבור משטרת ישראל (במסגרת פיילוט), ופיתוח מערכות דירוג אשראי (במסגרת חברת Target Scoring).
בשנת 2000 כשכבר היה בתפקיד סמנכ"ל חברת Target Scoring, ופיתוח את תוכנת TargetView, החליט לחזור להיות יזם. הוא התפטר מהעבודה והקים סטרטאפ ומיזם בשם טרגט איי. שפיתח מערכת ניטור מחשבים בשם Target Eye שהיא תוכנת הניטור הראשונה בעולם. במקביל הקים וניהל בשנים 2001 ועד 2004 מיזם נוסף בשם Target Data, ביחד עם רות האפרתי, ופיתח את מערכת Data Tune לטיוב נתונים. פרוייקטי טיוב נתונים באמצעות מערכת זו, נמכרו בהצלחה לחברת בזקכל, מיקרוסופט ישראל, מכון התקנים, מכון היצוא, עלית, דאל הנדסה ואנשים ומחשבים.
בשנת 2006, במקביל להמשך פיתוח תוכנת Target Eye, פיתח עבור חברת manpower מערכת מיון מועמדים מהמגזר החרדי, ובשנת 2007 שימש כמנכ"ל חברת Interwallet .
כיום, בד בבד עם גידול שתי בנותיו, דנה ואמה, ביחד עם רות, כתיבת סיפורים קצרים, הלחנת מוסיקה (למגירה), והתמכרות לריצה למרחקים ארוכים, הוא ממשיך בפיתוח תוכנת Target Eye, ומוצרי ביון וניטור מחשבים מרוחקים, וכן מעורב במיזמים נוספים. בנוסף הוא מייעץ לחברות, גופים ממלכתיים ולאנשים פרטים, וכן כותב מאמרים בנושאי ניטור מחשבים וטלפונים סלולריים, פתרונות אבטחת מידע, הגנה בפני רוגלות, וירוסים ונוזקות וכן התמודדות מול איומים במרחב הקיברנטי.