מכללות להנדסאים מקיימת מגוון מסלולים של הכשרה מקצועית בתחומי ההנדסה השונים. הכשרה זו מתקיימת במסגרת לימודי הנדסאים האורכים לרוב כשנתיים, ומקנים ידע מקיף ויישומי אשר מעניק מיומנויות מעשיות לתעסוקה בתחום. משום שתכניות הנדסאים מתמקדות בתכנים מעשיים, נערך לימוד מועט יחסית של נושאים תיאורטיים. ההתמקדות הזו תקנה את כלל המיומנויות הדרושות למציאת תעסוקה במקצוע כבר עם סיום הלימודים.
במסגרת רשת מכללות הנדסאים ניתן לבחור בין מגוון לימודי הנדסאים המעניקים הכשרה מקצועית בתחומים הנדסיים: לימודי הנדסאים חשמל ואלקטרוניקה, הכשרה מקצועית בהנדסת מכונות ומכטרוניקה, תואר הנדסאים קירור ומיזוג אוויר, לימודי הנדסאים תוכנה או הנדסה אזרחית, תואר הנדסאים טכנולוגיות ואיכות מים, הכשרה מקצועית של לימודי הנדסאים ביוטכנולוגיה, וכן קיים מסלול הכשרה בכימיה תרופתית.
את מרבית המסלולים של הכשרה מקצועית ניתן לקיים בשני אופנים - מסלול בוקר האורך כאמור כשנתיים, וכן מסלול ערב שילוב לימודים בימי שישי האורך כשנה נוספת, ומאפשר גם לעובדים במשרה מלאה או כאלה המנהלים חיי משפחה ללמוד את התארים הנחשקים במכללות השונות..
אחד מהיתרונות הרבים של הלימודים מכללות השונות היא האפשרות להמשיך אל לימודי השלמה לקראת תואר ראשון, עם סיום התואר הנדסאי. בדרך שכזו ניתן לרכוש תואר כפול בתוך פרק זמן של כשלוש עד ארבע שנים בלבד - וכך גם לפתוח מגוון אפשרויות תעסוקה בתפקידים נחשקים. סטודנטים יוכלו לבחור בין לימודי לוגיסטיקה או מדעי החברה, המתקיימים מטעם אוניברסיטת בר אילן, אחד מהמוסדות היוקרתיים ביותר בישראל.
כמו כן, חיילים משוחררים עד כחמש שנים ממועד התחלת הלימודים יוכלו ליהנות מהטבות שונות. בשנה הראשונה של התואר ההנדסאי יהיו הסטודנטים זכאים להנחה של כתשעים אחוז משכר הלימוד, וכן בשנה השנייה יוכלו הסטודנטים של תואר הנדסאי חשמל ליהנות מהנחה בשיעור זהה.