שני בתי הכנסת הגדולים שבוונציה, הצרפתי והגרמני, שוכנים במוזיאון היהודי ומכיוון שהוא צר מלהכיל מבקרים רבים, יש צורך להזמין מראש את מועד הביקור.
בכניסה למוזיאון תצטרכו לשלם דמי כניסה סמליים, שנועדו להבטיח את שמירת העתיקות, את הפעלת המקום והחזקתו באופן תקין, הכולל סידורי הבטחה קפדניים בבדיקה לפני הכניסה.
במוזיאון ישנם חמישה בתי כנסת שהגרמני הנקרא "סקולה גרנדה טדסקה" הינו העתיק ביותר ונבנה באלף חמש מאות עשרים ושמונה.
בית הכנסת הצרפתי הנקרא "סקולה קנטון" נבנה באלף חמש מאות חמישים ושמונה בגלל שמספר היהודים בגטו גדל באופן קיצוני ובגלל שהיה צורך לאפשר לקהילה של יהודים שהגיעו מתפוצות אחרות, להתפלל על פי מנהגיה. בכל אופן, מדובר בשתי קהילות ממוצא אשכנזי שהגיעו מדרום צרפת ומגרמניה.
בית הכנסת האיטלקי הנקרא "סקולה איטליאנה" נבנה באלף חמש מאות שבעים וחמש ובו התפללו על פי המסורת של רומא.
בתי הכנסת הגרמני, הצרפתי והאיטלקי נמצאים בגטו החדש והם מעוצבים בצורה צנוע על מנת שלא למשוך תשומת לב יתרה שתגרום להתססת הרוחות.
שני בתי הכנסת הנוספים הם ספרדיים שהראשון נבנה באלף חמש מאות שבעים הנקרא "סקולה לוונטינה" ששימש את קהילת יהודי הבלקן והשני נבנה באלף חמש מאות שמונים וחמש הנקרא "סקולה ספניולה" ששימש את קהילת מגורשי ספרד ואת מגורשי פורטוגל. שניהם ממוקמים בגטו הישן שנמצא בבית היציקה העתיק ששימש לפני הקמת בתי הכנסת מפעל מתכת.
שלא בדומה לבתי הכנסת הגרמני הצרפתי והאיטלקי, בתי הכנסת הספרדיים נבנו ברוב הדר ופאר ואפשר לראות שהם בולטים יותר בהדרם מהאחרים, כשמטיילים ברחובות הגטו.
כמאה שנה לאחר מכן, שופצו בתי הכנסת הספרדיים לסגנון הבארוק שהיה שולט באותה התקופה, כך שנשארו סימני היכר מועטים של הסגנון הספרדי. סגנון הבארוק בבית הכנסת נראה בוילונות בצבע בורדו, בשיש האסור על פי ההלכה וכן באלמנטים עשירים.
חמשת בתי הכנסת מתאפיינים בכך שהבמה לא נמצאת במרכז, מול ארון הקודש, כפי שקיים בבתי הכנסת, אלא ממוקמת בצד ארון הקודש. קיימת סברה שהמיקום של הבמה כך, בגלל שהמקום צר מדי ולא איפשר הצבת כמות ספסלים מספקת עבור המתפללים. בבית הכנסת הגרמני יש עדות לפי האיורים הקיימים על הרצפה, ששם היתה הבמה במרכז ולכן מתקיימת בו תפילת הושענה רבא.
בבית כנסת הצרפתי קיים חלון הפונה לתעלה ולכן מתפללים בו את תפילת תשליך והמתפללים משליכים ממנו אל התעלה, ללא צורך לצאת לים, או לנהר.
בבית הכנסת האיטלקי מתפללים בפסח בגלל ההרגל שנשאר.
רוב ימות השנה, בתי הכנסת אינם בשימוש ולכן הקהילה היהודית נפגשת לתפילות רק בימי חגים ובאירועים חגיגיים, מסורת של ימים.
לאחר שהקהילה היהודית, בשיתוף הרשויות, העירונית והממשלתית, שהשקיעה רבות בשיפוץ המוזיאון בשנים האחרונות, נפתחה בגטו ספריה וכן ארכיון הקהילה היהודית, הכוללת ספרים מהמאה השבע עשרה שהודפסו בוונציה. כמו כן נפתח אתר המאפשר עיון בכרכים ההיסטוריים.
נפתח מלון חדש בשם "גן הגטו" שבעבר היה בית אבות שהוקם בשנת אלף שמונה מאות וחמישים, הכולל מסעדה כשרה, המתבססת על מאכלי בשר.
בבית המלון ישנם ארבע עשרה חדרים שפתוחים לקהל הרחב ומאפשרים לקיים בהם אירועים מיוחדים, באווירה אינטימית מצומצמת כמו חתונות, בר מצווה וימי הולדת. ישנה אפשרות להגיע עם הגונדולה לחלקו האחורי של המלון, שם מוגשות הארוחות.
בגטו שבמוזיאון ישנה מאפייה הנקראת "פניפיצ'יו וולפה ג'ובאני" המתמחה בלחמים ועוגות כשרות ובמטעמים מקומיים מסורתיים. המקום כל כך נקי, שלא תבחינו אפילו בשערה אחת על המדפים בגלל שכל העובדים שם עושים הסרת שיער כיאה לוונציאנים.