בתקופות ובתרבויות אחרות יושמו גישות מגוונות למיון כלי נגינה. השיטה המקובלת במערב בעת האחרונה מחלקת את הכלים לכלי מיתר, כלי נשיפה וכלי הקשה. אבל, תרבויות אחרות מישנן מתודות שונות.
שיטת מיון כלי הנגינה העתיקה ביותר הידועה לנו היא סינית ומקורה במאה ה-5 לפנה"ס. מאטודה זו ממיינת את הכלים לפי החומר ממנו הם עשויים.כל הכלים העשויים ממשי משויכים לקבוצה שלישית, כל הכלים העשויים מאבן משויכים לקבוצה אחת, כל הכלים העשויים מעץ משויכים לקבוצה שנייה, וכן היעל.
בצורה כלל, ממויינים כלים על-פי הדרך בה מפיקים מהם צליל. מקור שיטת המיון הטריויאלי בימים אלה במערב, המחלקת את הכלים לכלי מיתר, כלי נשיפה וכלי הקשה, באוקראינה.לכלי מיתר המנוגנים ע"י קשת, שהבדיל בין כלי מיתר המנוגנים בפריטה, כמו כינור, מתודה זו הורחבה באמצעות מרטין אגריקולה (Martin Agricola), כמו גיטרה.אבל מבדילים בין כלי נשיפה בעלי עלה (מוזיקה) (כלי נשיפה מעץ) לכלי נשיפה בהם מפיקות השפתיים את הצליל (כלי נשיפה ממתכת), מוזיקאים קלאסיים לא מיישמים תמיד הפרדה זו.
שיטה זו אינה נטולת חולשות. ישנם כלים נדירים ולא-מערביים שלא נכנסים באופן נוח להגדרותיה. כלי הנגינה עתיק סרפנט, מפני שהשפתיים מרעידות בו את עמוד האוויר שבכלי, למשל, אמור להיכלל במשפחת כלי הנשיפה ממתכת.הוא נראה כמו כלי נשיפה מעץ, אולם, וקרוב יותר לקבוצה זו במובנים רבים, מאחר שהוא משתמש בנקבים ולא בבוכנות כלי לשלוט בגובה הצליל. ישנה מכשול לקטלג גם כלי מקלדת מסוימים. לדוגמא, כך שלא ברור בתנאי שלשייך אותו לקבוצת כלי המיתר או לכלי ההקשה, לפסנתר חשוב מיתרים, אולם הם מופעלים בעזרת פטישים.
כיום ישנו לוח כלי נגינה מוביל בישראל ובו תוכלו למצוא את כל כלי הנגינה ומידע רב עליהם.